بررسی بیوانفورماتیکی نواحی بالادست ژن فیتاز قارچی (Phy A)

تنظیم بیان ژن و دستیابی به عناصر تنظیمی دخیل در آن یکی از چالش های اساسی سیستم های بیانی می باشد. به طور کلی، آنچه تا کنون در مورد پراکنش عناصر تنظیمی متصور است، استقرار آن ها در نواحی غیر کدگذار ژن می باشد. بالادست ژن، ناحیه غیر کدگذاری است که در اغلب موارد پروموتر را در برمی گیرد. بنابرابن با توجه به نقش کلیدی پروموتر در تنظیم بیان ژن، واکاوی ناحیه بالادست ژن ها به طور سریالی و یا رایانه ای می تواند ارائه کننده مناطقی با قابلیت پروموتری و کارا باشد. لذا با توجه به هزینه های روش ای سریالی، در این مطالعه نواحی بالا دست تمامی ژن های فیتاز قارچی Phy A با روش های بیوانفورماتیکی مورد ارزیابی قرار گرفت. با هدف دستیابی به توالی نوکلئوتیدی ژن های هدف، بانک اطلاعات ژنی در پایگاه اینترنتی NCBI استفاده شد. موتورهای جستجوگر CpG Plot ،NSITE و Blst2 جهت آشکار سازی موتیف های اتصال به فاکتورهای رونویسی، نواحی غنی از CpG و مقایسه توالی های انتخابی با پروموترهای کارآمد قارچی سایر گونه ها استفاده شد. نتایج حاصل از این بررسی مبین کارآمدی بیان سیستم ارائه شده در این تحقیق نسبت به مدل های پایه ای ژن فیتاز می باشد.

کلیدواژه ها:

تنظیم بیان ژن ، عناصر تنظیمی ، نواحی غیر کدگذار ، پروموتر ، فیتاز