شبیه سازی رایانه ای پیشبینی ساختار دوم توالی RNA با استفاده از مدلهای ترمودینامیکی

سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 1,482

فایل این مقاله در 6 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

CIGS12_0629

تاریخ نمایه سازی: 5 بهمن 1392

چکیده مقاله:

امروزه ساختار دوم توالی مولکولهای RNA برای بسیاری از موجودات ساده شناسائی شده است. تعیین این ساختار در مسائل بیوانفورماتیک، علاوه بر تفسیر عملکرد و واکنش پذیری RNA، در تحلیل ساختار سوم مولکول RNA نیز کاربرد دارد. در این مقاله، یک برنامه با استفاده از نرم افزار رایانه ای MATLAB برای پیش بینی و نمایش دو بعدی ساختار دوم توالی RNA با کمترین انرژی آزاد به وسیله مدل ترمودینامیکی نزدیکترین همسایه (INN) طراحی شد. توالی t RNA مربوط به یک یوکاریوت از پایگاه داده بیوانفورماتیک استخراج شد و به عنوان ورودی برنامه مورد استفاده قرار گرفت. مدلهای ساختار دوم با حداقل انرژی آزاد در سه شکل نمودار برگی، نمودار با چهار انشعاب مجزا در محور مختصات و نمودار با استفاده از مدل برآمدگی و تو رفتگی به دست آمدند. از این نمودارها می توان در تلیل رایانه ای مسائل بیوانفورماتیک که به روش تفکیک داده های ژنتیکی به دو قسمت بالا و پائین آستان عمل می کنند، استفاده کرد.

نویسندگان

کیوان آصف پور وکلیلیان

دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه اگروتکنولوژی، دانشگاه تهران

عبدالرضا صالحی

عضو هیئ علمی دانشگاه تهران

حامد ابراهیم زاده

دانشجوی کارنشاسی ارشد اصلاح گیاهان باغبانی، دانشگاه تهران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Andronescu, M., Zhang, Z. C., Condon, A., 2005. Secondary Structure ...
  • Benenson, Y., Gil, B., Ben-Dor, U, Adar, R., Shapiro, E., ...
  • Brown, T. A., 1998. Genetics: A molecular approach. Chapman and ...
  • Ding, Y., Chan, C. Y., Lawrence, C. E., 2006. Clustering ...
  • Hofacker, I. L, Fekete, M., Stadler, P. F., 2002. Secondary ...
  • Shateri Najafabadi, H., Goodarzi, H., Torabi, N., Banihosseini, S., 2006. ...
  • Wu, J. C., Gardner, D. P., Stuart, O., Gutell, R. ...
  • Xia, T., SantaLucia, J., Burkard, M. E., Kierzek, R., Schroeder, ...
  • نمایش کامل مراجع