تعیین میزان گسست و تراکم نقطه ای در نقشه های ژنتیکی گندم موجود در پایگاه های اطلاعاتی

کیفیت نقشه ژنتیکی مطلوب یک جمعیت گیاهی حاصل از دو رگ گیری با سه شاخص ، حداقل تراکم نشانگر ها در یک جایگاه Clustering حد اقل گسست در طول گروه های پیوستگیGap و حد اکثر پوشش ژنومgenome coverageقابل تعریف است. هر چقدر میزان تمایز بین والدین بیشتر باشد درجه پلی مر فیسم در سطح نشانگر ها افزایش یافته و تعداد بیشتری نشانگر رویگروه های پیوستگی مستقر و سطح بیشتری از ژنوم گونه مورد بررسی درقالب نقشه ژنتیکی پوشش داده می شود. از طرفی تراکم نشانگر های روی یک نقطهClustering می تواند به دلیل شباهت زیاد نشانگر، نبود نوترکیبی ناشی از توقف کراسینگ اور و یا وارونگی در ناحیه در یک والد نسبت به والد دیگر باشد. در این بررسی با هدف مقایسه میزان پوشش ژنوم، اطلاعات منتشر شده 17 نقشه ژنتیکی گندم نان حاوی نشانگر هایSSRو یا ترکیب نشانگر هایSSR+DArTاز پایگاه اطلاعاتTriticarte و Graingeneاستخراج ودر نرم افزارExcel2007بر اساس گروه های پیوستگی (کروموزوم) باز چینی گردید. طول نهائی هر گروه پیوستگی (تک کروموزوم) و مجموع طول گروه های پیوستگی به تفکیک دسته ژنومیA,B,D و مجموع کل طول ژنوم پوشش یافته توسط نقشه ژنتیکی به سانتی مورگان محاسبه شد. با هدف تعیین میزان تراکم نشانگر ها و گسست در طول نقشه فاصله بین نشانگر های همجوار محاسبه و فراوانی فاصله ها در پنج دسته 0، زیر 5 سانتی مورگان، بین 5 تا 15 سانتی مورگان، بین 15 تا 30 سانتی مورگان و بیش از 30 سانتی مورگان گروه بندی گردید . در نهایت نقشه ژنتیکی هر جمعیت با استفاده از نرم افزارMapChart2.2رسم شد. فاصله های بین نشانگر های همجواربیش از 30 سانتی مورگان بعنوان گسست در نقشه تلقی گردید. نتایج بیانگر گسست بین صفر تا تا 38 % در نشانگر های همجوار بود. دورگ گیری بین والدین با احتمال خویشاوندی نزدیک میتواند یک اتوجیه برای میزان گسست بالا باشد که در دست بررسی است. همچنین بین 5 تا 60 درصد نشانگر ها بسته به جمعیت ها روی یک نقطه متراکم شده بود

کلیدواژه ها:

گندم ، نقشه ژنتیکی ، نشانگر مولکولی ، گسست ، تراکم