ارزیابی بیوانفورماتیک داده هایDeep sequencingنمونه های سرطان پستان به منظور شناساییmiRNAهای جدید

ها miRNA) microRNA- RNAهای غیرکدکننده اندوژنوس 18-23 نوکلئوتیدی هستند که در تنظیم بیان ژن پس ازرونویسی درگیر می باشند. تغییرات بیانmiRNAها، میتواند منجر به بروز انواع بدخیمی شود. تاکنون بیش از 2500 نوعmiRNAی انسانی شناسایی شده است و پیشبینی میشود تعداد بیشتری ناشناخته باقی ماندهاند. ظهور نسل جدید توالییابی Deep sequencing امکان شناسایی هزارانmiRNA جدید را فراهم ساخته است. با اینحال تفسیر نادرست دادههای Deep sequencingمیتواند منجر به معرفی غیر واقعیmiRNA های جدید شود. از سوی دیگر تایید آزمایشگاهی تمام اینmiRNAها، بسیار پرهزینه و زمانبر ولی اجتناب ناپذیر است.هدف: در این مطالعه از انواع روش های بیوانفورماتیکی جهت آنالیز دادههایDeep sequencingدر سرطان پستان استفاده شد تاmiRNAهای کاندید با سطح اطمینان بالا به منظور انجام مطالعات آنالیز عملکرد انتخاب شوندمواد و روشها: با بررسی مطالعات پیشین، دادههایDeep sequencingدر سرطان پستان گرداوری و از لحاظ وضعیت ثبت در پایگاه miRbaseمورد ارزیابی قرار گرفتندmiRNAهای ثبت نشده در این پایگاه، از لحاظ معیارهای مختلف از قبیل: حفاظتشدگی، تعدادخوانش توالی، ویژگیهای ژن میزبان و غیره، فیلتر شدند. غربالگری نهایی با استفاده از پایگاههای بیوانفورماتیکی شامل،miRNAFoldوmiR-FIND و CIDmiR ،miPred ،FOMmiRصورت گرفت

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، سرطان ، Deep sequencing ، miRNA