پیش بینی کامپیوتری و تأئید آزمایشگاهی ژنهای هدف ریزRNAجدید حفاظت شده

ریز RNAها، مولکولهایRNAکوچک تک رشته ای هستند که بیان ژن را از طریق اتصال بهmRNAهای هدف و مهار ترجمه آنها و یا شروع تخریبشان تنظیم می کنند. تشخیص هدف ریزRNA مهمترین مسئله در بیولوژی آنها محسوب می شود. الگوریتم های کامپیوتری مهمترین ابزار در پیش بینی اهدافmiRNAها هستند. اخیراً در مطالعه پیشینمان، یک ریزRNAجدید مستقر در ژنTrkC انسانی بااستفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی پیش بینی و با تکنیک های آزمایشگاهی تأئید شد. ژنهای هدف اینmiRNAبا نرم افزارDIANA Lab microT پیش بینی شدند. در مطالعه حاضر، دو مورد از ژنهای هدف پیش بینی شدهHBEGF و MDN1 با تکنیکreal-time PCR تأئید شد. طراحی پرایمرهایreal-time PCRبا ابزارIDT oligo analyzer و primer blastانجام شد. به منظور مطالعه تأثیربیش بیان این miRNAبر بیان ژنهای هدف پیش بینی شده، سازه پیش ساز اینmiRNAدر سلولهایHEK293tترانسفکت شد. نتایجreal-time PCR نشان داد که بیان ژن هایHBEGF و MDN1 در سلولهایی که سازهmiRNAرا بیش بیان می کردند در مقایسه با سلولهایی که با وکتورscrambledترانسفکت شده بودند، کاهش یافته است

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، ژنهای هدف ، Real-Time PCR ، ریزRNA