پیش بینی توالی مورد توافق کدون شروع ترجمه و ایجاد تمایز بین ژن های با بیان بالا و پایین در ژنوم گندم نان به کمک الگوریتم های کلاسیک و مبتنی برSVM

سال انتشار: 1393
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 1,220

متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

CIGS13_1213

تاریخ نمایه سازی: 7 بهمن 1393

چکیده مقاله:

به منظور دستیابی به توالی های احتمالی مورد توافق (معروف به توالی های کزاک) واقع در 10 نوکلئوتید بالادست و پایین دست توالی شروع ترجمه TIS به ترتیب 286 و 228 توالی کدکننده پروتئینی با بیان بالا و پایین مربوط به ژنوم گندم مورد ارزیابی قرار گرفتند برمبنای مدل کاناور، بطور کلی، برای ژنهای با بیان بالا توالی مورد توافق cgccgCaGC(G/C)AUGGCG(a/g)g(G/C) gc(G/C)g و برای ژنهای با بیان پایین، توالی مورد توافق بدست آمد. در رابطه با جایگاه های 3-و+4 و+5 بازهایC و G ،G به ترتیب با مقادیر %52/86و71/72درصدو50/17درصددر مقایسه با سایر نوکلئوتیدها، بیشترین فراوانی را نشان دادند و بنابراین به ترتیب بصورتconsensus و consensus ،dominantنامگذاری شدند. علاوه براین، مشخص شد که جایگاه 5+، برخلاف جایگاه های 3- و 4+ در اکثر موارد با بازهای پیریمیدین (سیتوزین و تیمیدین) اشغال می شود. درضمن، با استفاده از نتایج بدست آمده از انواع الگوریتم های SVMیعنی SVM LibSVM و SVM PSO ،SVM Linear ،SVM Evolutionary ،SVM مشخص شد که این مدل ها بویژه دو الگوریتمSVM Linear و SVM توانایی قابل قبولی در رابطه با ایجاد تمایز بین توالی های با بیان بالا و پایین مربوط به ژنوم گندم دارا می باشند.

نویسندگان

جابر نصیری

دانشجوی دکتری، دانشگاه تهران، گروه زراعت و اصلاح نباتات، بخش ژنتیک مولکولی گیاهی

محمدرضا نقوی

دانشجوی دکتری، دانشگاه تهران، گروه زراعت و اصلاح نباتات، بخش ژنتیک مولکولی گیاهی

نفیسه منطقی

دانشجوی دکتری، دانشگاه تهران، گروه زراعت و اصلاح نباتات، بخش ژنتیک مولکولی گیاهی

سارا ناصری راد

دانشجوی دکتری، دانشگاه تهران، گروه زراعت و اصلاح نباتات، بخش ژنتیک مولکولی گیاهی