بهینهسازی بیوانفورماتیکی پپتید نشانه آلفا آمیلاز باسیلوس لیکنی فورمیس بومی ایران به منظور ترشحی کردن پروتئینهای نوترکیب

سال انتشار: 1393
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 850

متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

CIGS13_1214

تاریخ نمایه سازی: 7 بهمن 1393

چکیده مقاله:

تولید پروتئینهای نوترکیب در خلوص بالا و شکل فعال، در زمینه تولیدات دارویی دارای اهمیت بالایی است. از متداولترین میزبانها برای تولید پروتئینهای نوترکیب میتوان به باکتریE.coliاشاره نمود که تولید پروتئین در آن براساس محل تولید، به صورت سیتوپلاسمی، پریپلاسمی و خارج سلولی میباشد. تولید سیتوپلاسمی پروتئین، به علت عدم تشکیل پیوندهای دیسولفیدی اکثر اوقات منجر به تولید پروتئین غیرفعال(انکلوژن بادی) میشود. روش دیگر تولید، هدایت پروتئین به فضای پریپلاسمی است که به علت دارابودن فضای اکسایشی و وجود آنزیمهایی مانندdsb و چپرونها میتواند تشکیل پیوندهای دیسولفیدی را تسهیل کرده و پروتئین را در شکل فعال تولید کند. لذا میتوان با قراردادن یک پپتید نشانه مناسب در قسمتN-ترمینال پروتئین، آن را به فضای پریپلاسمی هدایت نمود مشاهدات تجربی نشان داده است که سیگنال پپتیدهای معمول مانندphoA و pelBکارایی لازم را نداشته و درصد انتقال پروتئین در این حالت پایین است. به منظور بالابردن کارایی ترشح، درتحقیق حاضر پپتید نشانه آنزیم آلفاآمیلاز باسیلوسلیکنیفورمیس بومی ایران انتخاب شده که با اعمال تغییراتی در توالی کدونی آن به یک پپتید نشانه جدید با کارایی بالاتر میتوان دست پیدا نمود. از برنامه نرم افزاریSignalPبه منظور پیش بینی مکان برش پپتید نشانه مذکور قبل و بعد از اصلاح استفاده شد. در اصلاح این پپتید نشانه سعی برآن بودتاآبگریزی پپتید نشانه افزایش یابد. نرم افزارTopPred برای بررسی آبگریزی پپتید نشانه قبل و بعد از اصلاح و نرم افزارBetapro برای بررسی ساختار دوم پپتیدهای نشانه مورد استفاده قرار گرفت. نتایج مطالعات بیوانفورماتیکی استفاده شده حاکی از اصلاح سیگنال پپتید مذکور و بالارفتن کارایی ترشح به میزان قابل قبولی می باشد.

نویسندگان

سیدکاظم حسینی

دانشکده علوم و فنون نوین دانشگاه تهران، گروه مهندسی علوم زیستی

زهرا حاجی حسن

دانشکده علوم و فنون نوین دانشگاه تهران، گروه مهندسی علوم زیستی

علیرضا زمردی پور

پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک، گروه زیست فناوری مولکولی(پایه)