بررسی اپی توپ های پروتئین core ویروس هپاتیت C با نرم افزارهای پیش بینی اپی توپ

با توجه به پتانسیل بالای تعیین اپی توپ در توسعه واکسن بر علیه عوامل عفونی و بیماری های مرتبط با سیستم ایمنی این حیطه تحقیقاتی بطور وسیعی درسال های اخیر مورد توجه محققین قرار گرفته است و طیف وسیعی از بانک های اطلاعاتی ، روش ها و نرم افزارهای پیشرفته در این زمینه طراحی شده است.باتوجه به اینکه در حال حاضر واکسن مؤثری برای پیش گیری از ویروس هپاتیت نوع C در دنیا وجود ندارد و همچنین نظر به شیوع بالای عفونت این ویروس در این مطالعه با استفاده از ابزارهای ایمنو انفورماتیک و بانک های اطلاعاتی شناسایی اپی توپ های مناسب پروتئینcore ژنوتیپ1a ویروس هپاتیتC انجام گرفت. سکانس اسید آمینه پروتئین core از بانک اطلاعات پروتئینی NCBI تهیه گردید. پیش بینی اپی توپهای ویروس HCV برای سلول هایB در مقدارهای 02 اسید آمینه ای تعیین گردیدو با استفاده از یکی از سروهای تعیین اپی توپ بنام Bcepred و بر اساس هیدروفوبیسیتی اسیدهای آمینه داده ها آنالیز گردیدند.در نهایت تعیین اپی توپ پروتئین کپسید ژنوتیپ 1a ویروس هپاتیت C با 191 اسید آمینه انجام گرفت و آنالیز داده ها نشان داد که در طول این 191 اسید آمینه 6 اپی توپ مختلف وجود دارد. مناسب ترین اپی توپ مربوط به سکونس RATRKTSERSQPRGRRQ مشخص گردید که در توالی 74 تا 36 پروتئین قرار داشت. مطالعه نشان داد که ژنوتیپ 1a دارای اپی توپ های مناسبی برای لنفوسیت های B می باشد.

کلیدواژه ها:

هپاتیت C ، پیشبینی اپیتوپ ، لنفوسیت B