آنالیز بیوانفورماتیکی انتهای `3 ژنوم جدایه های ویروس S سیب زمینی استان کرمان و مقایسه با سایر جدایه های ایرانی موجود در بانک ژن

ویروس S سیب زمینی(PVS) از مهم ترین ویروس های آلوده کننده سیب زمینی می باشد. انتهای `3 ژنوم این ویروس شامل ژن بیان کننده پوششپروتئینی و K 11 می باشد که مهم ترین نقش را در تعیین جایگاه تاکسونومیکی این ویروس ایفا می کند. توالی نوکلئوتیدی مربوط به این ناحیه از ژن6 جدایه از این ویروس از استان کرمان مربوط به مناطق جیرفت، ساردوئیه، سوغان و لاله زار با سایر جدایه های ایرانی موجود در بانک ژن مورد مقایسه قرارگرفت. بر اساس درخت فیلوژنتیکی رسم شده جدایه جیرفت و ساردوئیه در یک شاخه و ایزوله سوغان نزدیک شاخه این دو جدایه قرارگرفته و دارای یکنیای مشترک می باشند که نشان دهنده قرابت ژنتیکی بسیار زیاد این جدایه ها همان طورکه انتظار داشتیم می باشد. همچنین ایزوله لاله زار و خراسان نیزدر یک شاخه قرار می گیرند که با مجاورت دو استان با یکدیگر قابل توجیه می باشد. مقایسه ماتریکس تشابه بین جدایه های ایرانی تشابه بالای09 درصد رانشان می دهد. کمترین میزان تشابه بین ایزوله لاله زار و ساردوئیه به میزان 93.1 درصد می باشد. تنوع نوکلئوتیدی و تعداد متوسط تفاوت های نوکلئوتیدیدر بین تمامی جدایه ها به ترتیب برابر 0.037 و 41.267 بود.

کلیدواژه ها:

آنالیز بیوانفورماتیکی ، ویروس Sسیب زمینی ، انتهای 3` ژنوم