استفاده از داده های RNA-Seq به منظور بررسی مسیرهای ژنی مرتبط با تقویت و تحریک پاسخ ایمنی در گاو

سیستم ایمنی علاوه بر اینکه در برنامه های اصلاح نژادی کمترمورد توجه قرار گرفته است؛ توجه بیشتر به بهبود تولید در دامباعث تضعیف سیستم ایمنی گردیده است. برای بهبود یک سیستم فیزیولوژیک ابتدا باید سازو کار مولکولی آن را به درستیفهمید. در این مطالعه با استفاده از دادههای حاصل از تکنیک توالی یابی رونوشتها، اطلاعات بیولوژیکی مرتبط با مکانیسممولکولی فعال سازی لوکوسیت ها استخراج شده است. این بررسی بر روی داده های رونوشت سلولی لوکوسیت ها با شمارهدسترسی GSE37447 انجام شد. کیفیت داده ها با استفاده از نرم افزار FastQC مورد بررسی قرار گرفت. تعیین ژن ها وایزوفرم ها بعد از اطمینان از کیفیت داده ها، با استفاده از نرم افزار TopHat2 انجام گرفت. تعیین میزان بیان هر ژن و ایزوفرمبه کمک نرم افراز HT-Seq انجام شد. بررسی ژن های متفاوت بیان شده با استفاده از edgeR انجام گردید. آنالیز مسیرهایمتابولیکی بر اساس ژن هایی که تفاوت بیان داشتند، با استفاده از نرم افزار اینترنتی DAVID صورت گرفت. آنالیز مسیرهایمتابولیکی نشان داد، در شرایطی که اندازه گیری های فیزیولوژیکی مبین آن است که سیستم ایمنی به صورت فعال درآمده وقابلیت شناسایی و انهدام پاتوژن توسط این سیستم افزایش می یابد، مسیرهای اسپلایسوزم و ترمیم اتصالات نادرست ژنوم درلوکوسیت ها فعال می شود.

کلیدواژه ها:

، RNA-Seq ، مسیرهای ژنی ، سیستم ایمنی