جداسازی و شناسایی پاتوژن های ایجاد کننده شیگلوز به عنوان یکی از عوامل اصلی گاستروانتریت باکتریایی با استفاده از تکثیر مناطق هتروژن در RNA ریبوزومی
محل انتشار: کنفرانس ملی زیست شناسی و علوم زیست محیطی
سال انتشار: 1394
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 877
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
IRZIST01_070
تاریخ نمایه سازی: 1 آذر 1394
چکیده مقاله:
با توجه به شیوع فراوانی شیگلوز و گاستروانتریت ناشی از جنس شیگلا هم در کشور های در حال توسعه و هم در کشور های صنعتی،پایین بودن دز عفونی کننده این باکتری، افزایش روز افزون جمعیت جهان و شیوع این بیماری در مناطق پرجمعیت، تشخیص هم زمانتمامی گونه های جنس شیگلا با یک روش حساس و اختصاصی در زمان کوتاه، حائز اهمیت است. در نتیجه در این مطالعه تشخیصاختصاصی این باکتری از طریق روش های نوین ملکولی مورد بررسی قرار گرفت. بررسی دقیق ژنوم این باکتری با استفاده از توالی موجود در بانک اطلاعات ژنی (GenBank) صورت گرفت که ژن کد کننده RNA ریبوزومی به دلیل پایداری بسیار بالا، وجود کپی های فراوان در سلول و موجود بودن اطلاعات مربوط به این ژن در بانک اطلاعات ژنومی انتخاب شد. لذا، ژن 16S rRNA مرتبط با 61 باکتری از جنس انتروباکتریاسه و دیگر جنس های مرتبط مورد الاینمنت قرار گرفت. با توجه به اینکه بیش از 95 درصد ساختار ژن 16S rRNA در باکتری ها محافظت شده و دارای هموژنیسیته بالا در گونه های مختلف می باشد، از میان درصد باقیمانده توالی باکتری شیگلا، منطقه دارای بیشترین هتروژنیسیته با دیگر گونه ها و کمترین هموژنیسیته انتخاب گردید وتک پرایمر اختصاصی در ناحیه V6 طراحی شد. به دلیل محدودیت در انتخاب مناطق اختصاصی مکمل، روش Single specific primer PCR جهت جداسازی و شناسایی این جنس مورد استفاده قرار گرفت. امپلیکون حاصل به روش الکتروفورز دو بعدی بر روی ژل اگارز مورد بررسی قرار گرفت و مشاهده باند 263bp به عنوان پاسخ مثبت در نمونه های تحت بررسی در نظر گرفته شد. مشخص گردید که با استفاده از تک پرایمر طراحی شده و روش تدوین شده هر چهار گونه از جنس شیگلا به نام های شیگلا فلکسنری، شیگلا دیسانتری ، شیگلا بوییدی و شیگلا سونئی به طور اختصاصی مورد شناسایی قرار گرفتند و سایر جنس ها و گونه های مرتبط باند مورد انتظار را ایجاد نکرده و تمایز کامل ایجاد گردید. از این روش تشخیصی Single specific primer PCR با استفاده از پرایمر طراحی شده می توان در آزمایشگاه های تشخیص طبی، صنایع دفاعی و در شرایط حاد ناشی از حوادث غیر مترقبه به صورت کیت تشخیصی بهره برداری نمود.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
حمیدرضا ملاصالحی
تهران، ولنجک، دانشگاه شهید بهشتی، مرکز تحقیقات پروتئین، گروه بیوشیمی و بیوتکنولوژی مولکولی
ماهرخ علیمی
سمنان، دامغان، دانشگاه آزاد اسلامی واحد دامغان، دانشکده علوم پایه،گروه بیوشیمی
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :