مقایسه چهار روش استخراج DNA از باکتری های گرم منفی و گرم مثبت

زمینه و هدف: استخراج DNA، اولین مرحله در اجرای تحقیقات مهندسی ژنتیک می باشد و بدست آوردن روتکل مناسب برای تهیه یک DNA خالص، اهمیت بسزایی در تحقیقات مهندسی ژنتیک دارد، به همین دلیل برای آن روش های گوناگونی ارائه شده است. در تحقیق حاضر، چهار روش مختلف استخراج DNA از باکتری های گرم منفی و گرم مثبت از لحاظ کارایی هر کدام از روش ها و مقایسه آنها با یکدیگر، مورد بررسی و آزمون قرار گرفته است. هدف این مقاله، دستیابی به روش سریع تر و کم هزینه تر استخراج DNA ژنومی برای باکتری های گرم مثبت و گرم منفی است. روش بررسی: در این مطالعه، از باکتری های استافیلوکوکوس اورئوس و ویبریوکلراسوسپانسیون های باکتری، معادل کدورت نیم مک فالند تهیه شد. سپس به چهار روش: کیت تجاری، جوشاندن، فنل- کلروفرم و روش دترجنت رختشویی، DNA استخراج و هرکدام از روش ها در قالب طرح کامل تصادفی سه بار تکرار شد. غلظت های نمونه های استخراج شده با استفاده از دستگاه نانودراب و ژل الکتروفورز اندازه گیری شد. در ادامه، جهت بررسی کارایی DNA استخراج شده در انجام فرایندهای پایین دستی، تست های PCR, REP PCR و ERIC PCR اختصاصی برای باکتری های نام برده انجام شد. یافته ها: بررسی غلظت DNA های استخراج شده، نشان دهنده تفاوت چشمگیر میان باکتری های گرم مثبت و گرم منفی بود، همچنین تجزیه واریانس، تفاوت معنی داری بین این چهار روش نشان داد. انتظار را نشان دادند. روش ERIC PCR با DNA های استخراج شده در روش کیت تجاری باندهای مورد نظر را نشان داد ولی در سایر روش ها هیچ باندی مشاهده نشد. بحث و نتیجه گیری: از یافته های این تحقیق می توان نتیجه گرفت با وجود حساسیت بیشتر پروتکل کیت تجاری سیناژن در مقایسه با سه روش دیگر، در مقابل، با توجه به زمان و هزینه کمتر و راندمان تقریباً مشابه دو روش فنول، کلروفرم جوشاندن خصوصاً روش جوشاندن، می توان از این روش برای استخراج DNA در باکتری های گرم منفی و مثبت استفاده کرد.

کلیدواژه ها:

استخراج DNA باکتری ، REP PCR ، ERIC PCR ، PCR