اولین گزارش کاربرد نشانگر مولکولی TRAP و سیستم الکتروفورز ژل عمودی پلی اکریلامید بهینه و مقرون به صرفه با رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید در بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های آفتابگردان

نشانگر مولکولی جدید Target Region Amplification Polymorphism TRAP برای اولین بار در آفتاب گردان در سال 2003 کشف شد در این نشانگر از یک آغازگر ثابت طراحی شده برای توالی بیان شده برچسب دار Expressed Sequence Tag-EST و یک آغازگر تصادفی برای ایجاد نشانگر چند شکل در اطراف توالی های ژن کاندیدای هدف استفاده می شود این نشانگر بین 30-50 قطعه چند شکل ایجاد می کند و به این دلیل جزو نشانگرهای با درجه چند شکلی بالا به شمار می رود با وجود 12 سال از معرفی این نشانگر هنوز گزارشی در مورد استفاده از آن برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در آفتابگردان و حتی سایر گیاهان در کشور وجود ندارد از طرف دیگر در بسیاری از آنالیزهای مولکولی نظیر نشانگرهای مولکولی و انگشت نگاری ژنتیکی ژنوتیپ ها تعداد زیاد نمونه های آزمایشی باعث دشواری کار و صرف هزینه ساخت ژل های متعدد و همچنین صرف زمان زیاد برای انجام آزمایش می باشد در این تحقیق برای بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از نشانگر TRAP از روش جدید الکتروفورز ژل پلی اکریلامید با استفاده از رنگ امیزی اتیدییوم بروماید استفاده شده که نسبت به روش های رنگ آمیزی نقره و نشاندار کردن آغازگر ها با فلورسنت دارای مزیتهای همچون مقرون به صرفه بودن سرعت بالای آنالیز حجم بالای 196 نمونه ای در هر ازمایش و همچنین استفاده مجدد از ژل ها می باشد نتایج نشان داد که 19 ترکیب آغازگری در مجموع 116 باند ایجاد کردند که 109 تای آنها چند شکل بود محتوای اطلاعات چند شکل این نشانگر بین 0/03 و0/5 و میانگین 0/33 نشان داد که به عنوان یک نشانگر قدرتمند با چند شکلی بالا می تواند در بررسی تنوع ژنتیکی ژرم پلاسم آفتابگردان مورد استفاده قرار گیرد

کلیدواژه ها:

الکتروفورز ، اتیدیوم بروماید ، تنوع ژنتیکی ، ژل اکریلامید ، TRAP