بررسی پارامترهای بیوانفورماتیکی ژن ABP1 در گیاه آرابیدوپسیس تالیانا

تحقیق حاضر به منظور بررسی مکان ژنی ABPI با استفاده ار ابزارهای بیوانفورماتیکی موجود در پایگاه داده مختلف می باشد. این ژن از نوع کد کننده پروتئین است. بررسی ترکیب نوکلئوتیدهای ژن ABPI نشان داد، که توالی این ژن حاوی 58.78%TA و41.22% GC می باشد. با طراحی پرایمر مشخص گردید، که پرایمرهایی که برای PCR و QPCR لازم است، یکسان می باشد. بررسی توالی پروتئینی ABPI نشان داد که این توالی از 198 آمینواسید تشکیل شده است که آمینو اسید I1e9.1 درصد از کل توالی را تشکیل می دهد و بیشتر از سایر آمینواسیدها در طول توالی قرار دارد. وزن مولکولی و نقطه ایزوالکتریک پروتئین ABPIبه ترتیب3، 44، 22 و 5.51 می باشد. همچنین شاخص ناپایداری این پروتئین 44.83 بدست آمد، بنابراین در گروه پروتئین های پایدار قرار می گیرد. هضم توالی پروتئینی با استفاده از آنزیم یریپسین 9 برش ایجاد کرد، نتایج درون غشایی با استفاده از ابزار TMHMM نشان داد که آمینواسیدهای 70-0 و 170-150 در ناحیه ترانس غشایی قرار دارند. با استفاده از ابزارهای CD search در پایگاه داده NCBI دمین پروتئینی ABPI یافت شد.

کلیدواژه ها:

آرابیدوپسین ، ژن ABP1 ، پایگاه داده NCBI