بررسی و تحلیل خصوصیات بیوانفورماتیکی ژن کد کننده Yr10 مقاومت به زنگ زرد گندم (Puccinia striiformis f.sp. tritici)

تحقیق حاضر به منظور بررسی و تحلیل بیو انفورماتیکی در مورد مکان ژنی YR10 به ژن مقاومت به زنگ زرد گندم ( Puccinia striiformis f. sp. Tritici) می باشد.این ژن از نوع ژن های کد کننده پروتئین است. بررسی ترکیب نوکلئوتیدهای ژن Yr10نشان داد، که توالی این ژن حاوی 73/58% AT و 27/41% GC می باشد.با طراحی پرایمر مشخص گردید، که پرایمر هایی که برای PCR و qPCR لازم است، یکسان می باشند. بررسی توالی پروتئینی Yr10 نشان داد که این توالی از 824 آمینواسید تشکیل شده است که آمینو اسید 2/13 leu درصد از کل توالی را تشکیل می دهد و بیشتر از سایر آمینو اسیدها در طول توالی قرار دارد. وزن مولکولی و نقطه ایزوالکتریک پروتئین Yr10 به ترتیب 0/932190 و 7/24 می باشد، همچنین شاخص ناپایداری این پروتئین 39/97 بدست آمد، بنابراین در گروه پروتئین های پایدار قرار می گیرد. هضم توالی پروتئینی با استفاده از آنزیم تریپسین 104 برش ایجاد کرد. نتایج درون غشایی با استفاده از ابزار TMHMM نشان داد که آمینواسیدهای 350 -0 و 824 – 650 در ناحیه درون غشایی با استفاده از ابزارهای CD search در پایگاه NCBI دمین پروتئینی Yr10 یافت شد.

کلیدواژه ها:

گندم ، زنگ زرد ، ژن Yr10 ، پایگاه داده NCBI