بررسی ارتباط ویژگی های فیزیولوژیکی و تکاملی ژن های متابولیکی با مکان آنها در گراف سلسه مراتبی همراهی شارها

مفهوم همراهی شارها یکی از مفاهیمی است که برای بررسی ارتباط رفتاری واکنش ها در شبکه های متابولیکی استفاده می شود. تاکنون مطالعات زیادی به بررسی ارتباط بین ویژگی های مختلف واکنش های شبکه های متابولیکی پرداخته اند. یکی از ویژگی هایی که به آن توجه زیادی شده روابط همراهی شار بین واکنش ها است. در این مقاله، گراف همراهی شار برای واکنش های شبکه متابولیکی باکتری ای کولای ساخته شد. سپس عمق هر واکنش در این گراف تعیین شد و ترتیب واکنش ها در متابولیسم، میزان ضروری بودن واکنش ها، قدمت واکنش ها از لحاظ تکاملی و مکان ژن ها در گراف تنظیم بیان ژن مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان می دهد که به طور کلی واکنش هایی که در گراف در سطوح بالاتر قرار دارند نسبت به واکنش های سطوح پایین تر، برای بقای سلول ضروری تر بوده ونقش بیشتری را در وقایع تنظیمی ایفا می کنند. همچنین به جز واکنش های تبادلی که درصد زیادی از واکنش های این سطوح را تشکیل می دهند و از نظر تکاملی جدیدتر هستند عمده ی واکنش های این سطوح واکنش های حفظ شده می باشند. اهمیت زیاد واکنش های سطوح بالاتر برای بقای سلول و در وقایع تنظیمی آن نشان دهنده ی این است که این واکنش ها می توانند هدف های مناسبی برای دستکاری های ژنتیکی در مطالعات بیوتکنولوژی باشند.

کلیدواژه ها:

شبکه های متابولیکی ، آنالیز همراهی شارها ، تکامل ، ضروری بودن ژن ها