بررسی و بهینه سازی کدون های نادر ژن فیتاز باکتری YersiniaIntermedia به منظور افزایش میزان بیان آن در باکتری Escherichia Coli

سال انتشار: 1392
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 754

فایل این مقاله در 5 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

NBCI08_0317

تاریخ نمایه سازی: 29 شهریور 1394

چکیده مقاله:

هدف: به منظور داشتن بیشترین بیان ژن فیتاز باکتری Intermedia Yersinia در باکتری E.coli ،کدون های رایج در intermedia . Y که برای E.coli نادر هستند، باید به نحو موثری تعویض گردند. برای رسیدن به این هدف از یک سری نرم افزارهای تحت وب استفاده شده است. روش: با استفاده از سایت E. coli Codon Usage Analysis 2.0 کدون های رایج در Yersinia که برای E.coli نادرند، تعیین شدند. در مرحله بعد با مراجعه به سایت Optimizer که یک نرم افزار تحت وب به منظور بهینه سازی Codonusage است، تغییراتی بر روی نوع کدون های توالی مزبور صورت گرفته و سپس میزان بیان با (Codon AdaptationIndex) CAI درصد GC و تعداد Negative CIS elements و Negative repeat elements آن توسط نرم افزار تحت وب دیگری به نام Gene Script بررسی شد. نتیجه تحقیق: با استفاده از روش های مذکور ، میزان CAI از 0/63 به 0/80 رسید و درصد GC به 51/50 ومیزان کدون های نادر E.coli موجود در توالی اولیه به صفر رسید.

کلیدواژه ها:

کدون های نادر ، فیتاز ، بهینه سازی ، نرم افزار تحت وب

نویسندگان

مریم میرزایی سیچانی

دانشجوی کارشناسی ارشد رشته بیوشیمی، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهرکرد

بهناز صفار

گروه ژنتیک، دانشکده علوم، دانشگاه شهرکرد

بهزاد شارقی بروجنی

گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهرکرد

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Archetti M., 2004. Selection _ codon usage for error minimization ...
  • Chen, D., Texada D.E., 2006. Low-usage codons and rare codons ...
  • Grote, A., Hiller, K., Scheer, M., Minch , R., Nortemann, ...
  • Puigbo, P., Guzman, E., Romeu, A., Garcia- Vallve, S., 2007. ...
  • Villalobos, A., Ness , J .E _ Gustafsson, C _ ...
  • http ://www. faculty.ucr.edu 7. http :/genoms .urv.es ...
  • http ://www. genscript.com ...
  • نمایش کامل مراجع