بررسی بیوانفورماتیکی ژن HRD در گیاه آرابیدوپسیس تالیانا

به منظور بررسی بیوانفورماتیکی ژن HRD در گیاه آرابیدوپسیس تالیانا، توالی نوکلئوتیدی ژن مذکور از بانک اطلاعاتی TAIR گرفته شد و با استفاده از سایت های بیوانفورماتیکی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. آنالیز ناحیه پیشبری این ژن برای تعیین عناصر تنظیمی صورت گرفت و نتایج نشان دهنده وجود تعداد متنوعی عناصر تنظیمی چون MBS ، TC- rich reapet BOX4، ، GAG-motif و AE- box در این ناحیه بود که بیان کننده نقش این ژن در مسیرهای مختلف فیزیولوژیک می باشد. همچنین بررسی ترجیح کدونی نشان داد که این ژن دارای 184 کدون (بجز کدون خاتمه) است که کدون های با انتهای u با 0/34 بیشترین تعداد و کدون های با انتهای A با 0/189 دارای کمترین تعداد می باشد. آنالیز توالی پروتئینی نشان داد که وزن مولکولی ونقطه ایزوالکتریک آن به ترتیب 46136/9 و 5/17 می باشد. همچنین الگوی بیان این ژن مورد بررسی قرار گرفت و مشخص شد. میزان بیان این ژن در مراحل مختلف نمودارای بیان کمی است و تنها در مرحله غلاف کامل مقداری بر بیان آن افزوده می شود.

کلیدواژه ها:

آرابیدوپسیس تالیانا ، عناصر تنظیمی ، ترجیح کدونی