بررسی مقایسه ای ویژگی های ساختاری چهار ژن (CDPK32 ، CPK28 ، CPK9 و CPK6) رمز کننده پروتئین کینازهای وابسته به کلسیم در دو گیاه شلغم روغنی (Brassica rapa) و آرابیدوپسیس (Arabidopsis thaliana)

ژنوم شلغم روغنی (Brassica rapa)به عنوان یک گونه دیپلوئید از جنس براسیکا و دهنده ژنوم A به گونه زراعی کلزا، به طور کامل توالی یابی شده است. قرابت ژنومی این گونه و آرابیدوپسیس امکان مقایسه و بررسی تغییرات ژن های ارتولوگ را فراهم می کند. در گیاهان پروتئینی کینازهای وابسته به کلسیم درتنظیم بسیاری از فعالیت های بیوشیمیایی شرکت دارند. بسیاری از اعضای این خانواده پروتئینی درارتباط با یکدیگر و در مسیرهای بیوشیمیایی مشترک فعالیت می کنند. این پژوهش با هدف بررسی مقایسه ای ساختار نواحی رمز شونده و پروموترهای چهار ژن رمز کننده پروتئین کینازهای وابسته به کلسیم درگونه های B. rapa و آرابیدوپسیس انجام شد. با توجه به نقش ژن CDPK32 در تنظیم پاسخ به تنش های غیرزنده، ژن های دارای پروتئین های مرتبط با پروتئین این ژن با استفاده از سرویس بیوانفورماتیکی STRING شناسایی و از میان آنها سه ژن AtCPK28 ، AtCPK9 و AtCPK6 انتخاب شدند. سپس ارتولوگ چهار ژن مورد مطالعه درژنوم B. rapa شناسایی شدند. شباهت زیادی بین ژن های ارتولوگ در دو گونه مورد بررسی وجود داشت اگرچه در برخی موارد تفاوت هایی از لحاظ تعداد واندازه اگزون ها مشاهده شد. بیشترین شباهت بین ژن های AtCPK6 و BrCPK6 بود. بررسی پروموتر ژن های ارتولوگ تفاوت هایی را درنوع و تعداد برخی از عناصر تنظیم کننده سپس آشکار کرد که ممکن است الگوی بیان آنها را تحت تاثیر قرار دهد.

کلیدواژه ها:

آرابیدوپسیس ، شلغم روغنی( Brassica rapa ) و CDPK32