مطالعه‌ی پروتئین‌های آرگونات موجود در گیاه سویا (Glycine max) با استفاده از ابزار بیوانفورماتیکی

یکی از مهمترین پروتئین‌های که در بحث خاموشی ژن و ایجاد small RNAها نقش فعال و بسزایی دارند، پروتئین های آرگونات می‌باشند. پروتئین‌های آرگونات به عنوان جزئی جدایی ناپذیر از تمامsmall RNAهای شناخته شده می باشند که فعالیت برشی اندونکلئولیتیکی، برای بسیاری از آنها ثابت شده است. گیاه سویا یکی از چندین گیاهی میباشد که اخیرا تعیین توالی شده است و اطلاعات مربوط به ژنوم آن در دسترس می باشد، از این رو گزینه‌ی مناسبی برای اغلب تحقیقات بیوانفورماتیکی می‌باشد. هدف از این تحقیق مطالعه بیوانفورماتیکی پروتئین های آرگونات موجود در گیاه سویا با استفاده از ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی می‌باشد. برای شروع مطالعه ابتدا توالی‌های آمینواسیدی پروتئین های آرگونات دو گیاه سویا و آرابیدوپسیس از پایگاه اطلاعاتی مورد نظر دریافت شد، سپس با استفاده از نرم افزار clustalW، همردیفی توالی های صورت گرفت، در ادامه با استفاده از نرم افزار boxshade نواحی حفظ شده این توالی‌ها به صورت ملموس تر نشان داده شد. سپس با استفاده از نرم افزارهای smart وmega4 به ترتیب دامنه ها و درخت فیلوژنی این پروتئین‌ها مشخص شد و در انتها با استفاده از نرم افزار clc main workbench بررسی‌های بیشتری روی این پروتئین‌ها انجام شد.این تحقیق نشان داد که سویا دارای 19 پروتئین آرگونات می‌باشد که ژن های کد کننده این پروتئین ها به صورت پراکنده روی اکثر کروموزوم های سویا قرار دارند. پروتئین‌های آرگونات موجود در گیاه سویا به طور کلی دارای سه دامنه اصلی به نام‌های PAZ، MIDو PIWI می‌باشند و این پروتئین ها هنگام رسم درخت فیلوژنی در سه دسته مجزا قرار می‌گیرند. همچنین بررسی پروفایل بیان این پروتئین‌ها در سویا نشان داد که این پروتئین ها در بذر و برگ به میزان بیشتری نسبت به سایر بافت ها بیان می‌شوند.

کلیدواژه ها:

پروتئین های آرگونات ، سویا ، بیوانفورماتیک