مطالعه ی پایداری سیکلوتید در آب و متانول با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی

سیکلوتیدها پپتیدهای کوچک غنی از باندهای دی سولفید هستند که از گیاهان جدا شده اند.سیکلوتیدها دارای طیف وسیعی از فعالیتهای زیستی شامل فعالیت ضد میکروبی ،ضد تومور،حشره کشی و Anti-HIV می باشند. به دلیل تعداد در حال رشد باکتری های مقاوم بهدارو،جامعه ی جهانی در حال رویارویی با با یک چالش جدی است و نیازی ضروری به ترکیبات جدید برای درمان بیماری ها احساس میشود.سیکلوتید ها به عنوان پپتیدهای کوچک دفاع میزبان پتانسیل بالایی برای تبدیل شدن به ترکیبات دارویی نسل آینده را دارند.در اینپژوهش،ما به بررسی پایداری ساختار cycloviolacin O15 جدا شده از بنفشه ایرانی به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی پرداختیم.ما ابتدا این پپتید را به کمک نرم افزار Modeller مدل سازی کرده و سپس شبیه سازی دینامیک مولکولی را در دو فاز مختلف به کمکنرم افزار Gromacs انجام دادیم. طی فاز اول cycloviolacin O15 در آب و طی فاز دوم همین سیکلوتید در متانول به عنوان یکحلال رایج در داروسازی ،شبیه سازی گردید. آنالیز های مورد نظر انجام شد و پارامترهای فیزیکی وشیمیایی نظیر شعاع ژیراسیون،خطایجذر میانگین مربعات و سطح در دسترس حلال در طول 20 نانو ثانیه شبیه سازی دینامیک مولکولی گزارش گردید. تغییرات در سطحانرژی پتانسیل ،ساختار دوم و باندهای هیدروژنی در طول زمان بررسی شد. در هردو شبیه سازی هیچ تغییر کانفورماسیونی در طول زمانشبیه سازی مشاهده نشد و پپتید در تمام طول شبیه سازی در هر دو محیط پایدار باقی ماند و تغییر حلال تاثیری روی ساختمان وپایداری پپتید نداشت.

کلیدواژه ها:

سیکلوتید ، شبیه سازی دینامیک مولکولی ، پایداری