شبیه سازی دینامیک مولکولی: تکنیکی کارآمد برای مطالعه رفتار دینامیکی غشاهای دولایه لیپیدی در برهمکنش با مولکول های خارجی

شبیه سازی کامپیوتری مولکول ها و خصوصیاتشان در مقایسه با روش های آزمایشگاهی تاریخچه کوتاهی دارد و تنها در دهه های اخیر، شبیه سازی های کامپیوتری به طور گسترد های به عنوان یک ابزار استفاده شده اند. این مطالعات به ویژه در مورد پروتئینها و اسیدهای نوکلئیک انجام شده است و غشاهای زیستی کمتر از سایر بیومولکول ها مورد بررسی قرار گرفته اند. در دهه 1990 ، قابلیت دسترسی به کامپیوترهای قدرتمند راه های جدیدی را برای مطالعه دولایه های لیپیدی در سطح اتمی گشود. هم اکنون شبیه سازی دینامیک مولکولی، سیمای دقیقی از ساختار و دینامیک غشاها عرضه می کند. در این پژوهش، رفتار دینامیکی غشا دولایه POPC در برهمکنش با مشتق متیل استری 5 -نیترو - 2 - تیادیازول به عنوان ترکیب مدل بررسی شد. داده های حاصل از محاسبه نمودارهای چگالی الکترون نشان داد که حضور این ترکیب شیمیایی ظاهراً ساختار کلی دولایه لیپیدی را تغییر نمی دهد. مشتق متیل استری در بخش عمده ای از زمان شبیه سازی تمایل دارد که در ناحیه اسکلت گلیسرولی غشا باقی بماند. علاوه براین، این مولکول در بخش اعظمی از زمان شبی هسازی جهت گیری خاصی دارد و از اینرو می توان برهمکنش خاصی با غشا را برای آن در نظر گرفت. با توجه به این مطالعات، روشن شد که شبیه سازی دینامیک مولکولی، با در نظر گرفتن محدودیت های خاص، م یتواند جزئیات دقیقی در مورد رفتار دینامیکی غشاهای دولایه و برهمکنش ترکیبات شیمیایی با آنها به دست دهد.

کلیدواژه ها:

ا 5-نیترو- 2-تیادیازول متیل استر ، چگالی الکترون ، دینامیک مولکولی ، POPC