جلال جلیلیان - استادیار گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه

در مطالعات اکولوژی میکروبی، روشهای متکی به کشت میکروبی جهت شناخت تنوع میکروبی خاک، کارائی چندانی ندارند زیرا تنها بخش اندکی از میکروارگانیسمها را میتوان با استفاده از کشت بدست آورد. به همین دلیل نیاز استروشهای نسبتاً جدید مطالعه جوامع میکروبی خاک مورد ارزیابی قرار گیرند. امروزه روشهای متعددی برای تعیین ساختار جوامع میکروبی بر اساس تکنیکهای مولکولی به کار میرود. از جمله این روشها استفاده ازDGGE است. این روش برپایه استفاده از تنوع در توالی نوکلئوتیدی ژنهایS rRNA 16 و S rRNA18 متمرکز است. استراتژی کلی برای بررسیژنتیکی جوامع میکروبی خاک شامل استخراج اسیدهای نوکلئیک و سپس تکثیر فراوان ژنهای کد کننده 18S 16 یا S rRNA rRNA و سپس آنالیز ژنهای تکثیر شده همراه با نمونه شاهد با استفاده از یکی از تکنیکهای ژنتیکی مانندDGGEاست. جداسازی قطعاتDNA درDGGE بر اساس کاهش تحرک الکتریکی مولکولها در ژل پلی آکریلامید است. مولکولهایی با توالی نوکلئوتیدی مختلف ممکن است رفتار متفاوتی در سرتاسر ژل داشته باشند که در نتیجه آن در موقعیتهای متفاوتی از ژل حرکت کرده رسوب میکنند

تنوع میکروبی خاک، روشهای مولکولی، اکولوژی میکروبی روشDGGE