مریم خادمی - استادیار دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران جنوب
پونه خدابخش - دانشجوی کارشناسی ارشد مهندسی کامپیوتر - نرم افزار، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران جنوب

اکثر پروتئینها برای انجام وظایف بیولوژیکی خود، مجتمعهایی را تشکیل می دهند. در حالی که راههای تجربی بسیاری برای شناسایی مجتمعهای پروتئینی در آزمایشگاهها موجود است، اما محدودیتهای بسیاری برای این دسته از روشها وجود دارد. به همین علت، روشهای محاسباتی تکراری برای شناسایی مجتمع ها، مکمل مناسبی برای روشهای آزمایشی هستند. مدلسازی شبکه های تعاملی پروتئین پروتئین با گراف ساده در بسیاری از کاربردها از جمله، پیش بینی مجتمع های پروتئینی از شبکه های تعاملی پروتئین پروتئین مورد استفاده قرار گرفته است. مجتمع های پروتئینی به صورت زیرگرافهای متراکم در شبکه های تعاملی پروتئین پروتئین وجود دارند. از موفقترین فرایند خوشه بندی که برای استخراج مجتمع های شبکه تعاملی پروتئینی به کار رفته، میتوان الگوریتم خوشه بندی مارکوف نام برد، که دارای مشکلات و معایبی بسیاری است. در این مقاله، علاوه بر بررسی این الگوریتم، دو الگوریتم بهبود یافته ی روش خوشه بندی را نیز جهت شناسایی مجتمع های شبکه تعاملی پروتئینی ارائه خواهیم داد .

الگوریتم خوشه بندی مارکوف، شبکه های تعاملی پروتئین پروتئین، شناسایی مجتمع های پروتئینی