کبری ایزانلو - گروه شیمی، دانشکده علوم پایه، واحد بجنورد، دانشگاه آزاد اسلامی، بجنورد، ایران

امروزه شناختی از نحوه ی برهمکنش مولکول DNA با نانوذرات و نانوذرات عاملدار شده در کاربردهای پزشکی و دارورسانی هدفمند بسیار اهمیت دارد. شبیه سازی دینامیک مولکولی روی مولکول دورشته ای با ساختار مارپیچ مضاعف B-DNA با توالی (CCTCAGGCCTCC) و در سه حالت به منظور بررسی اثر نانوذرات طلا و نانوذرات طلای با بار جزیی منفی بر روی پایداری مولکول DNA انجام شد. در طول شبیه سازی نانوذرات طلا به مولکول DNA نزدیک شدند و گروههای فسفات مولکول DNA ، نانوذرات را به سمت شیار بزرگ آن هدایت کردند. در انتهای زنجیره ی مولکول DNA، به دلیل تماس زیاد با مولکولهای حلال و ایجاد حالتهای باز شده و به اصطلاح پوست کنده، نوکلیوتید انتهایی زنجیره بر روی سطح نانوذرات حالت خوابیده پیدا کرد. نتایج نشان داد زمانی که نانوذرات طلا و نانوذرات طلای عاملدار شده به مولکول DNA نزدیک میشوند، آنتروپی پیکربندی افزایش مییابد. انرژی پیکربندی و انرژی واندر والس مولکول DNA با حضور نانوذرات طلا و نانوذرات طلای عاملدار شده افزایش مییابد، در حالیکه تعداد پیوندهای هیدروژنی بین بازهای مکمل در حضور نانوذرات طلا کاهش و در حضور نانوذرات طلای عاملدار شده افزایش یافت. با توجه به کاهش مقدار RMSD در سیستم شامل نانوذرات طلای عامل دار شده میتوان گفت نانوذرات طلا باعث کاهش پایداری مولکول DNA میشوند، اما نانوذرات طلای عامل دار شده با بار جزیی منفی ساختار دو رشته ای مولکول DNA را نابود نمیکنند در حالیکه باعث ایجاد تغییرات ساختاری و ایجاد فشردگی در آن میکنند.

مولکول DNA، نانوذرات طلا، نانوذرات طلا عاملدار با بار جزیی منفی، شبیه سازی دینامیک مولکولی، آنتروپی پیکربندی