شناسایی نشانگرهای چندشکل ریزماهواره در چغندرقند
عنوان مقاله: شناسایی نشانگرهای چندشکل ریزماهواره در چغندرقند
شناسه ملی مقاله: JR_JRSB-32-2_007
منتشر شده در شماره 2 دوره 32 فصل در سال 1395
شناسه ملی مقاله: JR_JRSB-32-2_007
منتشر شده در شماره 2 دوره 32 فصل در سال 1395
مشخصات نویسندگان مقاله:
اصغر میرزائی اصل - دانشگاه بوعلی سینا
محمدحسین صفری - دانش آموخته کارشناسی ارشد دانشگاه بوعلی سینا
علی دلجو - عضو هیئت علمی-دانشگاه بوعلی سینا
فرشاد دشتی - عضو هیئت علمی-دانشگاه بوعلی سینا
خلاصه مقاله:
اصغر میرزائی اصل - دانشگاه بوعلی سینا
محمدحسین صفری - دانش آموخته کارشناسی ارشد دانشگاه بوعلی سینا
علی دلجو - عضو هیئت علمی-دانشگاه بوعلی سینا
فرشاد دشتی - عضو هیئت علمی-دانشگاه بوعلی سینا
به منظور شناسایی نشانگرهای SSR و EST-SSR در چغندر قند، مجموعا 2884 توالی EST و همچنین توالی ژن FLC-Like، یکی از ژنهای کلیدی کنترل کننده گلدهی در چغندر، از پایگاه NCBI استخراج شد. بعد از انجام سرهمبندی توالیها و ساخت توالیهای غیر تکراری، همه کانتیگها به منظور شناسایی SSRsهای دو تا شش نوکلئوتیدی مورد جستجو قرار گرفتند. سپس طراحی آغازگرهای اختصاصی از نواحی حفاظت شده اطراف این SSRها انجام شد. تعداد 300 توالی معادل 14 درصد از کل توالیهای EST دارای ریزماهواره بودند و به طور متوسط نواحی بیان شونده در چغندرقند به ازای هر 4/6 کیلو باز دارای یک ریزماهواره بوده و فراوانترین آنها تکرارهای سه تایی (36/33) بودند. تعدا 15 جفت آغازگر اختصاصی طراحی شده بر روی 12 رقم و لاین چغندر با آزمون PCR بررسی شد و شش نشانگر چندشکل شناسایی شد که چهار مورد از آنها از توالیهای ژنهای کنترل کننده گلدهی هستند. این نشانگرها قادر به تولید دو تا چهار الل در هر مکان بوده و محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) آنها بین 0/4 تا 0/66 بود. این اطلاعات EST-SSR و نشانگرهای جدید SSR شناسایی شده، منابع مهمی برای مطالعات ژنتیکی، تاکسونومی، اصلاح مولکولی، شناسایی ارقام در مطالعات آینده بر روی چغندر قند است.
کلمات کلیدی: چغندر قند, ژنهای گلدهی, نشانگر, EST
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/943833/