توالی یابی کامل ژنوم یک جدایه ایرانی ویروس موزاییک زرد لوبیا جدا شده از آفتابگردان

ویروس موزاییک زرد لوبیا (از جنس پوتی ویروس) به علت دارا بودن دامنه میزبانی وسیع می توانند بر روی محصولات مختلف خسارت زیادی وارد کند. در پژوهش حاضر ژنوم کامل یک جدایه از این ویروس به نام BYSun جداسازی شده از گیاه آفتابگردان توالی یابی و مورد بررسی قرار گرفته است. برای تکثیر ژنوم کامل ویروس BYSun از سه راهکار کلی، بهره گیری از آغازگرهای دژنره، تکثیر انتهای 5 با استفاده از روش 5 RACE و به کار گیری آغازگرهای اختصاصی استفاده گردید. بر اساس بررسی های انجام شده، کل ژنوم جدایه BYSun بدون در نظر گرفتن دنباله پلی A، دارای 9547 نوکلئوتید می باشد. جدایه ی مورد بررسی دارای یک چهارچوب خوانش (ORF) بلند به طول 9168 نوکلئوتید است که پلی پروتئینی به طول 3056 آمینواسید را کد می کند و نه سایت برش روی توالی آن شناسایی شده است. نتایج حاصل از مقایسه ترادف نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی ژنوم جدایه ی BYSun با ترادف های موجود در بانک ژن با استفاده از برنامه BLAST، نشان داد که جدایه ی مذکور بیشترین شباهت را با جدایه BYMV-S از استرالیا نشان می دهد. در درخت های فیلوژنتیک رسم شده بر اساس ترادف جدایه های موردبررسی، جدایه های مختلف BYMV در گروه های قابل تفکیک Pea ، W ، Broad bean ، Lupin ، General و S قرار می گیرند. گروه های ذکر شده تا حدود زیادی با منشاء میزبانی آن ها مطابقت دارد. در این طبقه بندی جدایه BYSun به همراه BYMV-S در شاخه S جای می گیرد. ویروس BYSun اولین جدایه ی ایرانی ویروس موزاییک زرد لوبیا است که به صورت کامل تعیین ترادف شده است.

کلیدواژه ها:

آفتابگردان ، ویروس موزاییک زرد لوبیا ، توالی کامل و RT-PCR