بررسی کارایی تجزیه توالی نوکلئوتیدی بخشی از ژنوم کلروپلاستی در ارزیابی تنوع ژنتیکی کنجد

کنجد ( Sesamum indicum L. )، عمده ترین دانه روغنی است که در نواحی گرمسیری و نیمه گرمسیری دنیا و ازجمله ایران کشت می شود. سطح زیر کشت کنجد در جنوب استان کرمان بالغ بر 8500 هکتار است. بدلیل استفاده از بذور محلی طی سالیان متمادی تنوع مورفولوژیکی چشمگیری در بین جمعیت های مختلف کنجد این منطقه مشاهده می شود. اخیرا کنجد رقم هلیل از بین توده های کنجد این منطقه انتخاب، خالص سازی و معرفی شده است. قبلا از مارکرهای مولکولی RAPD و ISSR برای ارزیابی تنوع ژنتیکی ارقام و لاین های کنجد استفاده شده است. در سالهای اخیر بدلیل کوچک بودن اندازه، مقدار فراوان دی ان ای و سرعت کمتر جهش در مقایسه با ژنوم هسته ای، از ژنوم کلروپلاستی بصورت گسترده ای برای بررسی تنوع ژنتیکی و درک روابط فیلوژنتیکی گیاهان مختلف استفاده شده است. این پژوهش با هدف تعیین توالی نوکلئوتیدی بخشی از ژنوم کلروپلاستی کنجد و ارزیابی کارایی آن در بررسی تنوع ژنتیکی این گیاه انجام شد. استخراج دی ان ای از برگهای بوته های جوان هفت رقم و لاین کنجد انجام گرفت. ژنتیکی این گیاه انجام شد. استخراج دی ان ای از برگهای بوته های جوان هفت رقم و لاین کنجد انجام گرفت. واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از جفت آغاز گر های fD1/rP1 انجام و منجر به تکثیر قطعه ای به اندازه تقریبی 1/5 کیلو جفت باز شد. قطعات دی ان ای تکثیر شده پس از تلخیص، تعیین توالی شده و تعلق آنها به ژنوم کلروپلاستی کنجد با استفاده از نرم افزار BLAST و جستجو در NCBI بررسی و تعیین شد. تجزیه مقایسه ای توالی های بدست آمده با استفاده از نرم افزارهای BioEdit و MEGA 5 مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج نشان داد که با مقایسه توالی قطعه تکثیر شده از ژنوم کلروپلاستی کنجد می توان ارقام و لاین های کنجد را از یکدیگر متمایز نموده و قرابت آنها را از طریق ترسیم درخت فیلوژنتیکی تعیین نمود.

کلیدواژه ها:

تنوع ژنتیکی ، ژنوم کلروپلاستی ، کنجد ، مارکر مولکولی