بررسی فیلوژنتیکی پوتیویروس جدا شده از گیاه شوکران در استان کرمان براساس ژن پروتیین پوششی

جنس Potyvirus با 115 گونه قطعی و 85 گونه احتمالی بزرگترین و مهمترین جنس در تیره Potyviridae بهشمار می رود. پوتی ویروس ها موجب خسارات قابل توجهی در طیف گستردهای از گیاهان زراعی میگردد و توسط شته ها به صورت ناپایا منتقل می شوند. گیاه شوکران با نام علمی Conium maculatum L. از خانواده ی Apiaceae ، گیاهیاست که در مناطق معتدل اروپا، غرب آسیا، شمال آفریقا، شمال امریکا، استرالیا و نیوزیلند یافت می گردد. درنمونه برداری های انجام شده بر روی تعدادی از گیاهان دارویی در مزارع و مراتع شهرستان بردسیر استان کرمان طیسه مرحله در سالهای 94 و 95 ، گیاهان شوکران با علایم موزاییک و رگبرگ نواری زرد مشاهده گردیدند. بررسی هایاولیه با آزمون ACP-ELISA با بهره گیری از آنتی سرم عمومی پوتی ویروس ها رابطه ی عامل بیماری را با پوتی ویروسها نشان داد. برای شناسایی دقیق عامل بیماری آر.ان.ای کل با استفاده از کیت شرکت دنازیست ایران استخراج وDNA مکمل (cDNA) از روی RNA ویروسی ساخته شد. سپس با استفاده از آغازگرهای دژنره Sprimer/OligodTقطعه ای به طول 1600 جفت باز تکثیر و کیفیت قطعات تکثیر شده حاصل از واکنش بر روی ژل آگارز 1% بررسیگردید. قطعه تکثیر شده جدایه مورد نظر برای تعیین توالی به شرکت Macrogen (کره جنوبی) فرستاده شد. ترجمهآمینو اسیدی توالی ناحیه پروتیین پوششی از کل ناحیه تکثیر شده جدایه ی مورد بررسی با سایر توالی های موجود دربانک ژن NCBI با استفاده از نرم افزار BLAST مقایسه شد. نتیجه این مقایسه نشان داد جدایه مورد بررسی بیشترینشباهت را با برخی پوتی ویروس ها مانند Lettuce mosaic virus و Narcissus late season yellows virus دارد.در عین حال میزان شباهت توالی نوکلیوتیدی ناحیه تعیین ترادف شده با نواحی متناظر در گونه های یاد شده از 68%فراتر نمی رود. مطابق با معیارهای تفکیک گونه ها ارایه شده توسط کمیته بین المللی تاکسونومی ویروس ها (ICTV)ویروس جدا شده از گیاه شوکران می تواند به عنوان یک گونه ی مجزا در جنس پوتی ویروس معرفی شود.

کلیدواژه ها:

الیزا ، پوتی ویروس ، شوکران