بررسی بیوانفورماتیکی جایگاه تاکسونومیکی باکتری های همزیست با لگومینوزه بر اساس ژن رپ16S rRNA

سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 746

متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

AGRIBIOTECH03_035

تاریخ نمایه سازی: 27 تیر 1392

چکیده مقاله:

باکتری های رایزوبیا و غیر رایزوبیای گره زا، گروهی از میکروارگانیسم های خاکزی و مفیدی هستند که با ارتباط همزیستی با ریشه خانواده بقولات (لگومینوزه) سبب تثبیت نیتروژن می شوند، این گروه از باکتری ها از نظر ژنتیکی و فیزولوژیکی متنوع هستند. به منظور بررسی بیوانفورماتیکی جایگاه تاکسونومیکی این باکتری ها، توالی نوکلوتیدی ژن ،16S rRNA 40 جدایه (گونه های مربوط به جنس های ،Bradyrhizobium، Rhizobium Burkholderia و Mesorhizobium از بانک اطلاعات NCBI گرفته شد و با آغازگرهای fD1 و fD1 با استفاده از نرم افزار ClustalW همردیف شد. برای مقایسه چندشکلی بین جدایه ها از آنزیم های برشی Ndell, TaqI, AluI, HaeII برای برش قطعات ریبوزمی با استفاده از نرم افزار OLIGO استفاده شد، گروه بندی جدایه ها بر اساس قطعات حاصل از برش آنزیمی بر پایه وجود یا عدم وجود قطعات همسان و تعیین ضریب تشابه جاکارد Jaccard صورت گرفت، درخت فیلوژنی با روش مقایسه جفت ها از طریق میانگین های بی وزن UPGMA و باستفاده از نرم افزار 3.1 MVSP ترسیم گردید. نتایج نشانگر وجود 20 ژنوتیپ بین جدایه های مورد بررسی بود به طوری که جدایه های مربوط به جنس های مختلف از هم قابل تفکیک بودند و بین گونه های مختلف یک جنس تنوع مشاهده گردید لذا این روش برای شناسایی و تاکسونومی جدایه های باکتری های همزیست با لگوم ها ابزاری سودمند می باشد.

نویسندگان

کیومرث روح رضی

دانشجوی دکتری گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا ه

غلام خداکرمیان ۲

دانشیار گروه گیاهپزشکی دانشکده کشاورزی دانشگاه بوعلی سینا همدان

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Eardly, B. D., J. P. W. Young, Selander, R. _ ...
  • Pinto, G. S., Hungriaa, _ M., Mercante, F., 2007. Polyphasic ...
  • Rivas, R., Garcia-Fraile, P., velazquez, E., 2009. Taxonomy of Bacteria ...
  • Stackebrandt, E., Goebel, B. M., 1994. Taxonomic note: Place for ...
  • نمایش کامل مراجع