بررسی تفاوت بیان ژنها در مراحل مختلف رسیدگی گوجه فرنگی از طریق دادهای ESTs با استفاده از Digital Differential Display
سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 861
متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
AGRIBIOTECH03_051
تاریخ نمایه سازی: 27 تیر 1392
چکیده مقاله:
رسیدگی میوه یکی از مراحل پیچیده نموی است که در گیاهان عالی رخ می دهد و شامل مراحل متعددی از میوه نابالغ تا میوه بالغ را در بر میگیرد، که بستگی به گونه گیاه و شرایط محیطی دارد. در بسیاری از موارد، رسیدگی میوه همراه با تغییر رنگ میباشد که بواسطه تفاوت در محتوای رنگیزه و افزایش سطح قند میباشد. تغییرات فیزیولوژیک عمده که رنگ، بافت، مزه و بوی میوه را تغییر میدهد، تحت کنترل عوامل بیرونی (نور و دما) و عوامل درونی (ژنهای تنظیم کننده نمو و کنترل هورمونی) میباشد. در این مطالعه با استفاده از ابزار داده کاوی اطلاعات تحت عنوان Digital Differential Display DDD 7 مقایسه بر روی 9 کتابخانه EST موجود در سایت NCBI برای مراحل مختلف رسیدگی در گوجه فرنگی انجام شد. ابتدا به منظور تعیین ژنهایی که اختصاصا در میوه کامل بیان میشوند، یک مقایسه بین کتابخانه های میوه کامل و تمام کتابخانه های موجود برای قبل از رسیدگی میوه (شامل: مرحله ظهور اولین لکه قرمز- مرحله سبز کامل بالغ- مرحله سبز نابالغ) انجام شد. سپس کتابخانه های مربوط به هر مرحله رسیدگی میوه با همدیگر مقایسه شدند تا ژنهایی که در هر مرحله افزایش بیان نشان داده اند مشخص گردد. بدین ترتیب می توان ژنهای اختصاصی هر مرحله را تعیین نمود. ژنهایی مانند Fruit-specific Mini zinc finger protein، protein و Transcribed locus, weakly similar to XP_456030.1 hypothetical protein فقط در میوه کامل بیان شدند. ژنهای NP24 ،E8 protein homolog (E8-6) ،Alcohol dehydrogenase ، Clone 113596R( mRNA sequence) protein precursor (LOC543979) و Precursor polypeptide (AA -71 to 386) (PG و در مرحله قرمز رسیده بیان بیشتری نسبت به مراحل دیگر رسیدگی داشتند. TFHS1 S-adenosyl-L-methionine synthetase ، Glycolate oxidase (GLO2) ، Heat shock protein SAM1) و در مرحله سبز نابالغ بیان بیشتری داشتند. ژنهای GDP-mannose ،Enolase (PGH1) ،Clone 113817F, mRNA sequence Clone 134975R, mRNA sequence و Catalase (cat1) Clone 133464R, mRNA sequence،pyrophosphorylase (GMP) در مرحله سبز بالغ بیان بیشتری داشتند. در مر له ظهور اولین لکه قرمز ژن اختصاصی دیده نشد و اکثر ژنهای بیان شده در این مرحله در مرحله قرمز رسیده نیز بیان می شوند، اگرچه میزان بیان در مورد برخی از این ژنها در دو مرحله متفاوت می باشد. این تحقیق نشان می دهد که از طریق مطالعه بیوانفورماتیکی داده های UniGene می توان پروفایل ترانسکریپتوم ژنهای شناخته شده و ژنهای جدید را در مرحله رسیدگی گوجه فرنگی ایجاد نمود.
کلیدواژه ها:
Digital Differential Display گوجه فرنگی ، رسیدگی میوه
نویسندگان
فرشته بیات
استادیار گروه اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه خلیج فارس
میترا وندا
دانشجوی دکتری اصلاح نباتات دانشگاه شهرکرد
اسماعیل ابراهیمی
استادیار بخش زراعت و اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :