شناسایی تک ژنهای به صورت متفاوت بیان شده در بذر نمو یافته گندم با استفاده از DDD

مقایسه جفتی، گندم ESTs مشتق شده، در بانک ژن NCBI موجود است، و یک چشم انداز برای شناسایی ژنهای به صورت متفاوت بیان شده در بذور گندم را ارائه میدهد. این گزارش نشان دهنده وسیلهای برای بهره برداری مؤثر از این پایگاه عمومی دادهها برای پروفایل بیان ژن (ترانسکریپتوم) در بذر نمو یافته گندم میباشد. با استفاده از این ابزار کوچک اطلاعاتی که به عنوان نمایش متفاوت دیجیتال DDD شناخته میشود، چندین مقایسه جفتی بر روی هفت کتابخانه cDNA بذری از پنج رقم در چندین مرحله رشد بذر انجام شد. نمایش متفاوت دیجیتالی DDD مجموعههای زیاد تک ژنی خاص را شناسایی نمود که البته ژنهای پروتئینی ذخیره ای بذری و خان هدار در نظر گرفته نشدند. علاوه بر این، تک ژنهای خاص رشدی و بذری شناسایی شدند. برخی از این ژنها پروتئینهایی از قبیل پوروتیونین و دیگر توالیهای جدید ژنی ناشناخته را رمزگذاری میکنند. خصوصا این که پیشروهای پوروتیونین در واریتههای سخت نسبت به واریتههای نرم، در سطوح بالاتری بیان شده بودند. این مطالعه فرضیهای را ثابت میکند که با اجرای آنالیز in-silico پایگاه دادههای تک ژنی گندم، ایجاد سریع پروفایل رونویسی ژنهای جدید و شناخته شده را بذرهای نمویافته ممکن میسازد.

کلیدواژه ها:

بیان ژن ، ، DDD ، EST ، مقایسه جفتی ، گندم