مقایسه مدلهای مختلط خطی تک نشانگری MMA و هاپلوتیپ تصادفی RHM در مکان یابی QTL

علی رغم پیشرفت های چشمگیر در مطالعات ژنومیکس GWAS هنوز هم چالش های زیادی در تعیین بهترین مدل و روش آماری وجود دارد. به ویژه در جمعیت هایی که ارتباطات مختلف خویشاوندی در بین حیوانات وجود دارد، مشهود تر است. تا به حال روش های مختلفی در مطالعات GWAS پیشنهاد گردیده است که در مطالعه فوق به ارزیابی مدل های مختلط خطی با استفاده از هاپلوتیپ تصادفی و تک- نشانگری با داده های شبیه سازی شده می پردازیم. جمعیت شبیه سازی شده شامل یک جمعیت پایه 1020 راس دام غیر خویشاوند است که برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی در بین جایگاه QTL با نشانگرها 4 نسل تلافی تصادفی ادامه پیدا کرد. کل شجره شامل 4100 راس دام است. تعداد 10000 SNP بر روی 5 کروموزوم در فواصل مساوی cM 0/05 تعیین ژنوتیپ شدند. طول هر کروموزوم 100 سانتی مورگان در نظر گرفته شد. صفت شبیه سازی شده مربوط به عملکرد تولید شیر است. نتاج حاصل از نسل اول تا سوم دارای رکورد هستند، از دو مدل مختلط خطی تک نشانگری و هاپلوتیپ تصادفی برای آنالیز داده های ژتوتیپی و فنوتیپی استفاده شد. در تمام مدل ها داده های فنوتیپی برای اثرات ثابت جنس و نسل تصحیح گردیدند و اثر پلی ژنیک حیوان به عنوان عامل تصادفی علاوه بر اثر SNP اضافه گردید. نسبت درستنمایی دو مدل با اثر QTL و بدون اثر QTL در نقاطی که دارای بالاترین پیک است به عنوان مکان QTL در نظر گرفته شد. نتایج نشان داد که استفاده از مدل مختلط با هاپلوتیپ تصادفی مفیدتر از مدل مختلط تک نشانگری هستند، چون می توان از حداکثر ظرفیت عدم تعادل پیوستگی در آنالیز ها استفاده نمود. مدل هاپلوتیپی توانست تمام QTL های شبیه سازی شده را شناسایی نماید. تعداد مکان False positive مدل هاپلوتیپی بیشتر از مدل تک نشانگری بود.

کلیدواژه ها:

هاپلوتیپ تصادفی ، مدل های مختلط ، QTL ، ژنومیکس