بررسی بیوانفورماتیکی ژن های دخیل در بلوغ و تکامل دانه برنج با استفاده از روش RNA-seq

خصوصیات کمی و کیفی دانه از جمله عملکرد ، داشتن قدرت تحمل تنش و ارزش غذایی ، وابسته به فرآیندها و سیکل های کنترل کننده مراحل شکل گیری ، نمو و تکامل آن می باشد . شناسایی ژن های دخیل در مراحل مربوط به تشکیل دانه بر اساس سطح و روند تغییرات بیان هر ژن در هر مرحله و با استفاده از اطلاعات RNA-seqصورت گرفت . در این تحقیق نخست با جستجو در پایگاه های آنلاین مربوط به برنج و با بهره گیری از اطلاعات مربوط به آزمایش های مختلف RNA-seq ، اقدام به شناسایی 158 ژن اختصاصی بافت دانه و سپس توزیع و پراکندگی هر ژن بر روی کروموزوم ها با تهیه نقشه کروموزومی انجام شد .به منظور تخمین سطح بیان هر ژن در مراحل مختلف گیاه برنج ، نقشه بیانی (Heat map )ترسیم گشت .بر همین اساس مشخص شد که ژن های مربوط به پرولامین ،گلوتلین و پروتیین های LEA بیشترین بیان را نسبت به سایر ژن ها دارند.مطابق با نقشه کرموزومی ،،کرموزوم های شماره 1 و 3 بیشترین و کروموزوم های شماره 8 و 9 کمترین تعداد جایگاه های ژنی را دارا بودند. همچنین ژن های پرولامین و گلوتلین بیشترین پراکندگی بر روی کرموزوم ها را در میان سایر ژن ها به خود اختصاص داده اند

کلیدواژه ها:

بلوغ دانه ، توزیع کروموزومی ، نقشه بیانی ، RNA-seq