مطالعه شناسایی توالی پروتئینی با استفاده از روش طیف سنجی جرمی

طیف سنجی جرمی روشی بسیار حساس برای بررسی ساختاری بیومولکولها است. در این روش، هریک از پروتئین های جدا شده از هم با استفاده از عوامل شیمیایی یا پروتئازها که معمولا0 تریپسین میباشد، به پپتید شکسته شوند. سپس این پپتیدها به کمک طیف سنجی جرمی پروتئینها مورد مطالعه قرار گرفته و اطلاعات با ارزشی راجع به آنها به دست می آید. هر طیف سنج جرمی شامل: منبع یونی، یک یا چند آنالیزور جرمی، یک آشکارساز و یک کامپیوتر میباشد. در منبع یونیزاسیون، گازهای یونی تولید میشود، سپس نسبت جرم به بار این مولکولهای یون دار شده را اندازه گیری میکند. در آشکارساز، طیف های حاصل از نسبتهای مختلف جرم به بار مشاهده میشود، با مقایسه طیف های حاصل از یک نمونه واقعی با طیف های فرضی که بر اساس توالیهای پپتیدی موجود در بانکهای اطلاعاتی پروتئینی محاسبه شده اند، پروتئین مورد بررسی شناسایی میشود. در حقیقت، قطعه کامل پروتئینی که شامل این توالیهای جزیی باشد، از مقایسه آنها با توالیهای پروتئینها و اسیدهای نوکلئیک شناخته شده و موجود در بانکهای اطلاعاتی، تعیین توالی میشود و در نهایت پروتئین شناخته میشود. دو روش اصلی برای شناسایی پروتئینها به استفاده از طیف سنج جرمی وجود دارد. روش کلاسیک پروتئومیکس شامل جداسازی مخلوط پروتئینی بوسیله ژل الکتروفورز دو بعدی (2DE) و سپس هضم پروتئین در ژل و انگشت نگاری جرم پپتیدی (Peptide Mass Fingerprinting, PMF) بوسیله طیف سنج MALDI-TOF است و روش دیگر شامل انجام طیف سنجی جرمی متوالی (MS/MS) و بدست آوردن توالی کوتاه آمینواسیدی (توالی نشانمند) و جستجو در بانکهای اطلاعاتی با استفاده از این توالی کوتاه است.

کلیدواژه ها:

انگشت نگاری جرمی ، پروتئومیک ، شناسایی پروتئین ، طیف سنجی جرمی