تجزیه و تحلیل مقایسه ای داده های ترانسکریپتوم برنج در طول میانکنش با برخی از جدایه های باکتریائی و قارچی

برنج یکی از مهمترین غلات و از اصلی ترین غذاها در جهان است. این گیاه مورد حمله آفات متعددی قرار میگیرد و ضررهای اقتصادی زیادی به کشاورزان تحمیل می شود. بیماری قارچی بلاست و سوختگی باکتریایی برنج که به ترتیب ناشی از Magnaporthe spp. و سویه های مختلف Xanthomonas oryzae هستند از بیماریهای مهم این گیاه محسوب می شوند. از آنجائیکه استفاده از داده های مربوط به ترانسکریپتوم میان کنشی می تواند اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با تعیین مکانیسم های پیچیده ی دخیل در ایجاد و حذف میانکنش میزبان- باکتری فراهم آورد، در این مطالعه داده های خام آنالیزهای میکرواری تغییرات تران سکریپتوم برنج به عفونت های نا شی از سویه های باکتریائی و قارچی ذکر شده ا ستخراج شد . فایل ها در نرم افزار R بازخوانی و نرمال سازی شدند و لیست ژنهایی که بیشترین افزایش و کاهش بیان را نشان داده اند استخراج و مقایسه شدند. نتایج نشان داد که هیچ ژن مشترک افزایش یافته در مواجهه ی گیاه با عامل باکتریائی و قارچی وجود ندارد. در میان ژنهای کاهش بیان یافته نیز ژن مربوط به RING-H2 finger protein ATL29 تنها ژنی بود که هم در مواجهه ی برنج با سویه باکتریائی (T7174) و سویه ی قارچی (FR13) افزایش بیان نشان داد. ژن کد کننده ی Naringenin,2-oxoglutarate 3-dioxygenase و Pectate lyase نیز در مواجهه ی برنج با تمام سویه های باکتریائی مورد مطالعه کاهش بیان ن شان داد. برر سی عملکرد این ژنهای مشترک می تواند ایده های دستکاریهای بیان ژنی در برنج برای مقاوم سازی آن به عوامل بیماریزای مهم را فراهم آورد.

کلیدواژه ها:

برنج ، Magnaporthe ، Xanthomonas oryzae ، ترنسکریپتوم میانکنشی ، میکرواری