لاتین FragPro: ابزاری تحت وب برای تعیین خصوصیات ساختاری قطعات پروتیین ها

مهندسی پروتیین به عنوان یک رویکرد قدرتمند در بهبود خصوصیات پروتیین ها بسیار پیشرفت داشته است. در مهندسی پروتیین گاهی علاقه مند به جایگزینی قطعه ای از پروتیین هستیم (جراحی پروتیین)؛ در این خصوص یکی از مشکلات، پیدا کردن قطعه پپتیدی مناسب جهت جایگزینی است. از شروطی که این قطعه باعث اختلال در ساختار کلی پروتیین نشود این است که خصوصیات ساختاری مشابه ای با قطعه هدف داشته باشد. به این منظور برای طراحی پپتید با الهام از پروتیین های طبیعی لازم است خصوصیات ساختاری قطعات مورد نظر شناسایی و براساس آنها طراحی انجام شود. از خصوصیات ساختاری مهم در این خصوص می توان سطح در دسترس، ساختار دوم، قطبیت و فاصله دو انتهای قطعات پپتیدی را نام برد FragPro یک ابزار تحت وب برای تعیین خصوصیات ساختاری قطعات پروتیینی است. برای ایجاد رابط ورودی این ابزار زبان PHP بکار گرفته شده است. آنالیز اطلاعات ساختاری را برنامه ای در محیط Matlab به عهده دارد که با دریافت فایل ساختاری، اجرای برنامه DSSP و آنالیز آن، اطلاعات ساختاری قطعه مورد نظر را ارایه میکند. این خصوصیات به کاربر کمک می کند که اطلاعات دقیق تری از قطعه پروتیین مورد نظر داشته باشد و در طراحی پپتید و همینطور جراحی پروتیین راهنمای خوبی جهت انتخاب قطعات پپتیدی می باشد. این ابزار در آدرس زیرfrag_pro/bioinf.modares.ac.ir/software در دسترس همگان قرار دارد.

کلیدواژه ها:

مهندسی پروتیین ، خصوصیات ساختاری پروتیین ، طراحی پپتید