تعیین جایگاه فیلوژنی جدایه های ایرانی ویروس موزاییک نیشکر براساس ترادف نوکلیوتیدی ناحیه ژنی CI

ذرت Zea mays و نیشکر Saccharum officinarum از جمله گیاهان استراتژیک تیره غلات Gramineae هستند که دارای اهمیت اقتصادی، تغذیه ای و دارویی می باشند. ویروس موزاییک نیشکر SCMV متعلق به جنس Potyvirus از تیره Potyviridae، پاتوژن بسیار مهم و خسارت زا و از عوامل محدودکننده این گیاهان در دنیا است. منطقه کدشونده CI Cylindrical inclusion پوتیویروس ها مناسب ترین گزینه برای اهداف تشخیصی و تاکسونومیکی زمانیکه توالی کامل ژنوم در دسترس نیست، می باشد. در این راستا، دو جدایه ایرانی SCMV به نام های NRA و ZRA از مزارع نیشکر و ذرت مازندران جمع آوری و با استفاده از آغازگرهای دژنره پوتیویروس ها، بخشی از ناحیه CI ژنوم آنها به طول 680 نوکلیوتید به روش RT-PCR تکثیر و همسانه سازی گردید. جهت تعیین جایگاه تکاملی این جدایه ها در بین سایر جدایه های SCMV موجود درGenBank درخت فیلوژنتیکی آنها به روش Neighbor-joining ترسیم گردید. در آنالیز فیلوژنتیکی 23 ترادف SCMV در 4 گروه قرار گرفتند و جدایه های ایرانی در کنار جدایه های آرژانتین و استرالیا در گروه II قرار گرفتند. آنالیز فیلوژنتیکی در ناحیه ژنی CI نشان داد که دو جدایه با سایر جدایه های SCMV موجود در دنیا، بین 77/4%، تا 97/2% در سطح نوکلیوتیدی و بین 94/3% تا 100% در سطح آمینواسیدی مشابهت دارند. بیشترین شباهت جدایه های ایرانی NRA و ZRA در سطح نوکلیوتیدی 97/2% و 95/7% و آیمنواسیدی 100% با جدایه آرژانتین ARG-915 می باشند. این اولین گزارش از شناسایی و طبقه بندی SCMV بر حسب ناحیه ژنی CI در ایران می باشد

کلیدواژه ها:

لاتین SCMV ، ژنRT-PCR ، CI همسانه سازی ، آنالیز فیلوژنتیک