مقایسه الگوریتم ژنتیک و روش CPSP در حل مسأله تاخوردگی پروتئین

پیشبینی ساختار پروتئین با استفاده از توالی آمینواسیدهایش، یکی از برجستهترین مسائل بیولوژی محاسباتیاست چرا که عملکرد یک پروتئین و فعالیت بیولوژیکی آن، به طور عمده به ساختار سه بعدی آن وابسته است. این مسألهبه عنوان مسأله تاخوردگی پروتئین شناخته می شود. ساده ترین مدل های شناخته شده برای حل مسأله ی تاخوردگیپروتئین، مدل مشبکه آبگریز- قطبی است. در مسأله ی مورد نظر هدف یافتن ترکیبی در مدل مطرح شده است که دارای کمترین انرژی آزاد باشد که در واقع معادل با یک مسأله ی بهینه سازی است. ثابت شده است که این مسأله یک مسأله ی-NP سخت است و برای حل این دسته از مسائل، الگوریتم های فرااکتشافی گزینه های مناسبی هستند. در این مقاله ازالگوریتم ژنتیک به دلیل سرعت نسبتاً مناسبی که در حل مسائل بهینه سازی دارد، استفاده شده است.

کلیدواژه ها:

آمینواسید ، پروتئین ، تاخوردگی ، الگوریتم ژنتیک ، مدل آبگریز- قطبی ، CPSP