شناسایی مجتمع های پروتئینی با استفاده از الگوریتم خوشه بندی مارکوف

سال انتشار: 1392
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 775

فایل این مقاله در 7 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

CEIT01_224

تاریخ نمایه سازی: 9 تیر 1393

چکیده مقاله:

اکثر پروئئین ها برای انجام وظایف بیولوژیکی خود، مجتمع هایی را تشکیل می دهند، در حقیقت، بسیاری از پروتئین ها به عنوان بخش های دائمی از مجتمع ها و جود دارند. در حالی که راه های فراوانی برای شناسایی مجتمع های پروتئینی به ظور تجربی در آزمایشگاهها موجود است، اما محدودیت های بسیاری برای این دسته از روش ها وجود دارد. مدل سازی شبکه های تعاملی پروتئین - پروتئین با گراف ساده در بسیاری از کاربردها از جمله، پیش بینی مجتمع های پروتئینی از شبکه های تعاملی پروتئین - پروتئین مورد استفاده قرار گرفته است. مجتمع های پروتئینی به صورت زیر گراف های متراکم در شبکه های تعاملی روتئین - پروتئین وجود دارند. از موفقترین فرایند خوشه بندی که برای استخراج مجتمع های شبکه تعاملی پروتئینی به کار رفته، الگوریتم خوشه بندی مارکوف محسوب می شود، که دارای مشکلات و معایبی زیادی است. در این مقاله، علاوه بر بررسی این الگوریتم، دو الگوریتم بهبود یافته ی روش خوشه بندی را نیز جهت شناسایی مجتمع های شبکه تعاملی پروتئینی ارائه خواهیم داد.

کلیدواژه ها:

شناسایی مجتمع های پروتئینی ، شبکه های تعاملی پروئتین - پروئین ، الگوریتم خوشه بندی مارکوف

نویسندگان

پونه خدابخش

دانشجوی کارشناسی ارشد دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران جنوب

مریم خادمی

استادیار دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران جنوب

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Graph Data, 1st Edition., Springer, 2010. G.A. Pavlopoulos, ...
  • R.Schneider and P.G Bagos, "Using graph theory to analyze biological ...
  • _ Computational approaches for detecting protein complexes from protein interaction ...
  • _ I O I NFORMATI S , Vool. 20 no. ...
  • versus affinity propagation for the partitioning of protein interaction graphs", ...
  • Clustering of Protein Interaction Networks with Improved Balance and Scalability', ...
  • RNSC and MCL Algorithms _ Random Geometric Graphs", International Journal ...
  • Markov Clustering for Protein Complex Prediction by Incorporating C _ ...
  • refinement of MCL for detecting yeast complexes from weighted PPI ...
  • نمایش کامل مراجع