کاربرد روش واکنش زنجیرهای پلیوراز- تفاوت طول قطعات حاصل از هضم ژنوم کلروپلاست برای ارزیابی روابط هاپلوتایپی و ساختار جمعیتی در برخی ژنوتیپهای سیب بومی ایراى و سه رقم تجاری

روش واکنش زنجیرهای پلیمراز- تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (PCR-RFLP) برای اولین بار در ایران برای ارزیابی و مشخص نمودن روابط هاپلوتایپی و ساختار جمعیتی در 25 ژنوتیپ سیب بومی ایران از سه منطقه آذربایجان، البرز و زاگرس و سه رقم تجاری رددلیشز، فوجی و گالا بکار رفت. سه آغازگر عمومی کلروپلاست (K1K2, HK و SfM) و یک آنزیم برشی (MseI) در این بررسی استفاده شدند و از ژل آگارزبرای تفکیک باندها استفاده شد. آغازگر SfM به علت تولید تعداد زیادی باند در این بررسی قابل بهره برداری نبود. همچنین آغاز گر K1K2 پس از برش حالت یک شکلی تولید کرد و فقط برش دی.ان.ا حاصل از پرایمر HK حالت چندشکلی نشان داد. جهشهای مشخص شده توسط ترکیب پرایمر- آنزیم برشی HK-MseI جهشهای حذف- اضافه در محدوده 20-50bp بودند که نمونه ها را در پنج هاپلوتایپ (H4, H3, H2, H1 و H5) گروهبندی نمودند. هاپلوتایپ H1 بیشترین تعداد نمونه را پوشش داد بطوری که تعداد 12 نمونه را بافراوانی 42/86% شامل می شد و کوچکترین هاپلوتایپ (H3) فقط دو رقم گالا و فوجی را دربر گرفت. سه هاپلوتایپ دیگر فراوانی نزدیک به یکدیگر داشتند (17/85%-14/3).

کلیدواژه ها:

پرایمر عمومی کلروپلاست ، جهش ، ژل آگارز ، آنزیم برشی