همولوژی مدلینگ و تعیین ساختار سوم زیر واحد بزرگ هماگلوتنین HA1 در ویروس آنفلوانزای H5N1

ویروس آنفلوانزای پرندگان یکی از ویروس هایی است که موجب مرگ و میر در ماکیان و پستانداران می گردد. ناتوانی در ایجاد حفاظت دائم بر علیه ویروس به دلیل بروز موتاسیون در سایت های آنتی ژنی گلیکوپروتئین سطحی ویروس به نام هماگلوتنینHAمی باشدقدرت بیماری زایی و انتقال ویروس شدیدا به قابلیت اتصال آن به گیرنده های سلول میزبان بستگی دارد و در ویروس آنفلوانزا این قابلیت بیماری زایی به فعالیت هماگلوتنینHAمرتیط می شود. مطالعه قدرت بیماری زایی پروتئین هماگلوتنین(HA)به دلیل نبود اطلاعاتکافی در مورد ساختار آن مشکل است. شواهد نشان می دهد که زیر واحد بزرگ HA1 پروتئین هماگلوتنین یک آنتی ژن مفید برای تولید واکسن موثر می باشد. بنابراین شناسایی و بررسی ساختار آن حائز اهمیت می باشد. به این ترتیب مدل های ساختاری زیرواحدبزرگ هماگلوتنینHA1 که دارای سایت های آنتی ژنی ویروس نیز می باشد در استرینA/Indonesia/5/2005(H5N1 ویروس آنفلوانزای پرندگان، بررسی و طراحی گردید. همولوژی ساختاری نمایش داده شده توسط پروتئین های الگو مدل سازی ساختار سه بعدی پروتئینHA1را در غیاب داده های کریستالوگرافی ممکن ساخت. پروتئینHA1 استرین( (A/Indonesia/5/ 2005(H5N1 از نظر توالی و عملکرد تشابه قابل ملاحظه ای باHA1در استرین های(A/Viet Nam/1203/2004(H5N1و،(A/HongKong/97/98(H5N1 نشان می دهد. این پروتئین ها از دو دمین شامل یک دامین سر کروی و یک دامین ساقه ای شکل تشکیل شده اند و اکثر سایت های آنتی ژنی ویروس روی دامین سر کروی این زیرواحد قرار دارند. مدل سه بعدی ساختار این پروتئین با استفاده از ساختار پروتئینHA1در دواسترین شناخته شده فوق به عنوان الگو و پروسه های همولوژی مدلینگ تعیین شد و نهایتا مشخص گردید که پروتئینHA1مورد بررسی ساختار مشابهی با HA1 سترین های دیگر دارد.

کلیدواژه ها:

آنفلوانزای پرندگان ، بیوانفورماتیک ، هماگلوتنین ، همولوژی مدلینگ