انتخاب باند های هدف محصولاتPCR ی قبل از تعیین توالی با استفاده از ژلSSCA و PAGE

مطالعات نشان می دهد گاهی اوقات تعیین توالی مستقیم محصولاتPCRبا خطا همراه می باشد. یکی از دلایل مواجهه با این مشکل اعتماد محققین به تک باند مربوط به محصول هدف در ژل آگارز است. اما ژل الکتروفورز آگارز با رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید برای نمایش مقادیر کمDNAو یا قطعاتی ازDNAکه دارای طول یکسان و توالی متفاوت می باشند دقت لازم را ندارد. لذا هدف این تحقیق ارائه یک راهکار مناسب برای کاهش هزینه ها قبل از تعیین توالی است. برای این منظور محصولاتPCRی قطعه 233bp 186 و bp از ژن هایMTHFR و VDRتکثیر گردید. مطالعات ما نشان داد هنگامی که این محصولات در ژل آگارز دارای تک باند هدف بودند، درژل پلی اکریل آمیدPAGEو با رنگ آمیزی نقره قلیایی دارای باندهای غیر اختصاصی بودند. لذا شرایطPCRبرای تکثیر قطعه ژنیMTHFR و VDRبه منظور حذف باندهای ناخواسته بهینه سازی شد. از سوی دیگر به منظور کاهش هزینه های ناشی از نمونه های تکراری در تعیین توالی، از تکنیکSSCA با هدف تفکیک نمونه های دارای توالی یکسان و متفاوت استفاده شد. نتایجSSCA نشان داددر اغلب موارد نمونه ها تکراری بودند که تعیین توالی یک نمونه به منظور کاهش هزینه ها صورت گرفت. براساس این تحقیق پیشنهاد می شود هنگامی که هدف فقط تعیین توالی محصولPCR ی است، کیفیت قطعه تکثیر شده در ژلPAGE بررسی شود و چنانچه هدفبررسی پلی مورفیسم قطعه باشد، کیفیت قطعات تکثیری قبل از تعیین توالی درSSCPارزیابی گردد.

کلیدواژه ها:

ژل آگارز ، تعیین توالی ، SSCP ، PAGE ، ژن ، ژنMTHFR