ردیابی، شناسایی و آنالیز مولکولی یک پلاسمید مربوط به فیتوپلاسمای جاروک یونجه

فیتوپلاسمای عامل بیماری مهم جاروک یونجه دارای قرابت نزدیک بهCndidatus Phytoplasma aurantifoliaاز رده مالیکوتهاست. فیتوپلاسماها دارای یک ژنوم کروموزومی و در تعدادی از آنها یک یا چتد قطعه ژنوم خارج کروموزومی (پلاسمید) یافت شده که دارای ژن مربوط به همانند سازیRep هستند. در این مطالعه با طراحی آغازگر وجود ژن مذکور در فیتوپلاسمای جاروک یونجه درازمون PCRتایید شد قطعه 1000جفت بازی مربوط به REP تعیین ترادف و براساس آن دو آغازگر قرینهside by side طراحی شد. با استفاده از این آغازگرها در آزمونInverse PCRیک قطعه 2500 جفت بازی مربوط به فیتوپلاسمای جاروک یونجه تکثیر شد. آنالیزهای تعیین ترادف نشان داد که فیتوپلاسمای جاروک یونجه دارای پلاسمیدی به اندازه 3442 نوکلئوتید است. در پلاسمید مذکور دارای 4 چارچوب خوانش بازORF شناسایی شد. با استفاده از برنامهBLASTمشخص شد که پلاسمید فیتوپلاسمای جاروک یونجه دارای ژنهای مربوط بهRep1155 نوکلئوتیدوDNA primase 1113 نوکلئوتید با همولوژی قابل توجه به ژنهای همتای خود در فیتوپلاسماهای دیگر هستند. ژن سوم دارای 231 نوکلئوتید بوددر که یک ناحیه تراغشایی در آن تشخیص داده شد ولیترادف مشابهی با آن در بانک ژن یافت نشد. ژن چهارم دارای 342 نوکلئوتید با شباهت اندک 37 درصدی به یک ژن فرضی در فیتوپلاسمایPeanut witches broomاست. این بررسی نشان داد که فیتوپلاسمای جاروک یونجه دارای یک قطعه خارج کروموزومی است که از نظر ژنتیکی دارای ژنهای حفاظت شده مربوط به همانند سازیDNA primase و Rep)و نیز ژنهای اختصاصی با عمل نامعلوم است.

کلیدواژه ها:

فیتوپلاسما ، جاروک ، یونجه ، پلاسمید