آنالیز بیوانفورماتیکی توالی ژن CONSTANS در گیاه چغندرقند

نور منبع انرژی برای فتوسنتز میباشد. در پاسخ مؤثربه سیگنالهای نوری محیط، گیاهان تکاملیافته دارای سه گروه گیرنده نوری قرمز، قرمز دور و فیتوکروم های جذبکننده نور آبی و uv میباشند. فیتوکروم A و فیتوکروم B به شدت نور کم و زیاد قرمز دور،قرمز و کریپتوکروم ها بهشدت بالای سیگنال نور آبی حساس میباشند. ژن CONSTANS ( Co ( به خانواده فاکتورهای اختصاصی رونویسی انگشت روی در گیاهان تعلق دارند. ژنهای این خانواده یک یا دو دمین B-box انگشت روی در ناحیه انتهای آمینی و یک دمین CCT در قسمت انتهای کربوکسیلی دارند و بیان آنها تحت تأثیر گیرندههای نوری میباشد. فیتوکروم Bفراوانی mRNA ژن CO را تحت شرایط نور قرمز کاهش میدهد، اما فیتوکروم A باعث افزایش بیان ژن CO و توسعه گلدهی از طریق جلوگیری از عملکرد فیتوکروم B و مسیرهای ناشناخته مستقل از فیتوکروم B میشود. ژن CO دارای 21 همولوگ در چغندرقند میباشد که عناصر بالادست تنظیمی آنها در این تحقیق مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 1022 نوکلئوتید از ناحیهبالادست جایگاه آغاز رونویسی تحت عنوان ناحیه پروموتری از پایگاه NCBI جداسازی شد. تعیین جایگاه احتمالی پروموتر توسط پایگاه softberry و آنالیز پروموترها توسط پایگاه های plantCARE ، Place و PLantPAN انجام شد. عناصر اصلی و مطرحدر پروموتر القاء شونده با فیتوکروم Aشامل GATA ، G-box ، SORLIP1 و SORLIP2 میباشند. یک واسط مهم برایفعال شدن فیتوکروم B ، پروتئین PIF3 است که جایگاه اتصال آن بر روی DNA ، توالی G-box میباشد. در بین 21 ژن همولوگ، ژنهای CO-LIKE 2 ، CO-LIKE 4 و CO-LIKE 7 دارای بیشترین پراکنش این عناصر بودند. این سه ژن هومولوگ دارای بیشترین جایگاه اتصال PIF3 میباشند، تعداد عناصر تنظیمی مربوط به فیتوکروم A و B در 21 همولوگ ژن CO متفاوت است و احتمالاً میزان تاثیر پذیری آن ها تحت تاثیر نور، بیشتر باشد.

کلیدواژه ها:

ژن CONSTANS ، فیتوکروم A و B ، PIF3 ، SORLIP ، G-bo