مقایسه اثر دنباله هیستیدینی در تجمع پروتئین آلفاسینوکلئین براساس نتایج پیشگویی و آزمایشگاهی

تجمع پروتئینها بصورت رسوبات آمیلوئیدی بعنوان عامل بسیاری از اختلالات عصبی همچون آلزایمر و پارکینسون شناخته میشود. فرایند برهمکنش بین مولکولی درتجمعات پیچیده است و عوامل ساختاری و محیطی متعددی درآن دخالت دارند. الگوریتمهای بیوانفورماتیکی با استناد به عوامل موثر در برهمکنشها طراحی گردیده که جایگاههای مستعد تجمع درپروتئین را پیشگویی میکنند. ازجمله ango،PASTA ،Zyggregator ،AGGRESCAN وFoldAmyloie است. دراین مطالعه اثر تغییر انتهای امینی پروتئین آلفاسینوکلئین نوترکیب (مسئول تشکیل رسوبات گسترده درپارکینسون) درتجمع یافتگی پروتئین بررسی شد و میزان آمیلوئید با تستهای ویژه مطالعه گردید. درتولید پروتئینهای نوترکیب استفاده ازدنبالهای ویژه بمنظور تسهیل تخلیص پروتئین متداول میباشد. ازجمله دنباله هیستیدینی که همراه یک توالی برش با آنزیم نیز میباشد. دربسیاری ازمطالعات به علت افزایش مراحل تخلیص این ناحیه حذف نمیگردد. با برنامه هایFoldAmyloid ،AGGRESCAN وPASTA تغییر درسرعت تجمع درنمونه با دنباله با نمونه بدون آن مقایسه شد. نرم افزارها تفاوتهای بارزی درانتخاب نقاط مستعد تجمع داشتند. AGGRESCAN براساس باقیمانده های باردار و هیدروفوب ناحیه 32-61 را مستعد تجمع میدانست. FoldAmyloid براساس تشکیل پیوندهای هیدروژنی وهمپوشانی باقیمانده های آروماتیکی ناحیه 5-1 و 12-71 را محل تجمع یافت. PASTA تمام ناحیه اضافه شده رابسیار مستعد برای داشتن تجمعات محاسبه نمود. اما نتایج آزمایشگاهی فیبریلاسیون با نتایج پیشگویی الگوریتمها قابل مقایسه ومتفاوت بودند

کلیدواژه ها:

بیماری پارکینسون ، آلفاسینوکلئین ، فیبریلاسیون