آنالیز شکاف های سطحی در پروتئین غشای خارجی جاذب آهن bauA در اسینتوباکتربومانی

اسینتوباکتر بومانی سبب عفونت های جدی در انسان می گردد. این باکتری می تواند آهن را در طول عفونت از میزبان به دست آورد. اسینتوباکتربومان ی به منظور جذب آهن سیدروفور خاصی به نام اسینتوباکتین را ترشح و در غشای خارجی خود پروتئین جاذب آهن به نام BauA را بیان مینماید. آنتی بادی های تولید شده بر علیه bauA فعالیت باکتری سیدال ازخود نشان می دهند. بنابراین شناسایی شکاف ها و جایگاه های عملکردی در سطح این پروتئین برای طراحی واکسن بر علیه اسینتوباکتربومانی مهم می باشد .پروتئین ها معمولا برای اجرای نقش بیولوژیکشان مجبورند با دیگر ملکول ها تماس وپیوند برقرار کنند. سطح پروتئین معمولا نامنظم بوده و در بردارنده شکاف ها و شیار های بسیاری با سایزهای متفاوت می باشد. شکاف ها به دلیل ارتباط نزدیکی که با جایگاه اتصال لیگاند دارند از اهمیت بالایی برخوردار می باشند. یکی از فاکتور های اولیه برای بررسی چگونگی اتصال پروتئین با ملکول هایدیگر سایز شکاف های سطحی موجود در ساختار پروتئین می باشد. به عنوان مثال در آنزیم ها جایگاه فعال معمولا توسط شکاف های بزرگ و عمیق به خصوصی تشخیص داده می شوند. در پروتئین های تک زنجیره ای، لیگاند به بزرگترین شکاف متصل می گردد. معمولا بزرگترین شکاف به طور قابل ملاحظه ای بزرگتر از شکاف های دیگر می باشد که پیشنهاد می کند سایز شکاف برای عملکرد آن ضروری می باشد. بنابراین در بسیاری از حالات جایگاه اتصال لیگاند در یک پروتئین با شناسایی شکاف های سطحی آن پروتئین ممکن می باشد. قابل ذکر است یک شکاف بزرگ، سطح تماس افزایش یافته ای را برای برقراری پیوند با سایر ملکول ها به وجود می آورد و بنابراین شانس پروتئین را برای تشکیل پیوند به حداکثر می رساند. آنالیز شکاف های سطحی پروتئین که توسط نرم افزار profunc صورت گرفته، نشان می دهد که منطقه ای با عمق متوسط 22.45، رئوس در دسترس 77.34 و رئوس پنهان 18.05 بزرگترین و عمیق ترین شکاف در ساختار این پروتئین را تشکیل می دهد. بزرگترین و عمیق ترین شکاف در این پروتئین در سطح بالایی آن جایی که لیگاندآهن متصل می شود و از طریق آن وارد سلول میگردد، واقع شده است. این شکاف از نظر بیوشیمیایی شامل یک اسیدآمینه سیستئین،71 اسیدآمینه پرولین و گلیسین، 02 اسید آمینه آروماتیک ،85 آلیفاتیک ،94 اسیدآمینه خنثی ،42 اسیدآمینه دارای بار منفی و 42 اسیدآمینه دارای بار مثبت می باشد.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، شکاف های سطحی ، اسینتوباکتر بومانی