یافتن میکروRNA های دخیل در مسیر سیگنالینگ VEGF با استفاده از روشهای بیوانفورماتیک و رسم شبکه میانکنشی ژن-میکروRNA

رشد عروق خونی جدید(آنژیوژنز) از طریق جوانه زدن سلولهای اندوتلیال عروق در افراد بالغ، تحت شرایط فیزیولوژیک خاص مانند ترمیم زخم و چرخه جنسی زنان صورت میگیرد. آنژیوژنز نقش کلیدی در رشد تومور و متاستاز دارد و در چند دهه قبل، به عنوان یک هدف احتمالی اولیه برا ی درمان سرطان مطرح شده بود، در طول سالهای اخیر، کشف VEGF -فاکتور رشد اندوتلیال عروقی- به عنوان واسطه اصلی آنژیوژنز در تومورها ، محققان را به مطالعهاساس ملکولی این پروسه و بررسی روشهایی به منظور مهار آنژیوژنز ترغیب کرده است. موتاسیون در انکوژنها و سرکوب گران تومور باعث افزایش غلظت محرکان رگزایی - فاکتورهای رشد اندوتلیال عروقی- میشود، که عمل خود را از طریق میانکنش با گیرنده های تیروزین کینازی موجود در غشای پلاسمایی سلولهای اندوتلیال و راه اندازی وقایع آبشاری درون سلول اعمال میکنند. یکی از اصلی ترین رو شهای تنظیم فرایندهای ژنتیکی از طریق مکانیسمهای مربوط به میکروRNA است. تخمین زده شده است که این مولکولها تنظیم بیان یک سوم تمامی ژنها را برعهده دارند. هدف از این مطالعه یافتن موثرترین میکروRNAها در مهار پروسه آنژیوژنز است، به این منظور بر اساس مرور مقالات و با استفاده از اطلاعات بانکKEGG ، 82 ژن دخیل در مسیرVEGF شناسایی شد و در مرحله بعدی با استفاده از3 الگوریتم مختلف (DIANA, miRWalk, miRanda ) و استفاده از اطلاعات یک بانک حاوی دادهای مطالعات تجربی(miRTarBase) ، جایگاه های اتصال میکروRNAها به ژنهای مختلف این مسیر مورد بررسی قرار گرفت و بانکهایی برای این منظور ایجادشد در انتها با استفاده از نرم افزارهای مطالعه شبکه های زیستی از جمله Cytoscape، 4 شبکه برای بانکهای موجود، ایجاد ش د و با مطالعات آماری انجام شده بر روی 461 میکروRNA ای که به نحوی در این مسیر مداخله میکردند، مشخص شد که تعداد 11 عدد از آنها در هر 4 شبکه و 77 مورد حد اقل در3 شبکه مشترک بودند. در نهایت میکروRNA هایی که به تعداد بیشتری از ژنها یا جایگاه های بیشتری روی یک ژن در این مسیر متصل میشدند ،امتیازبالاتری اختصاص داده شد، میکروRNAهای انتخاب شده میتوانند گزینه های مناسبی جهت بررسیهای بعدی در کشت سلول و مهار مسیر VEGF باشند.

کلیدواژه ها:

VEGF ، میکرو RNA ، بیوانفورماتیک ، رگزایی