آنالیز ژنومی مقایسه ای به منظور مطالعه ی سیستم های مقاوم به کادمیم و تنظیم شونده بوسیله CadR (از خانواده MerR )در گونه های سودوموناس

تنظیم کننده های خانوادهMerR با ساختار سیگنالی نامتعارف (پروموتورهایی با نواحی جداکننده طولانی91 جفت باز وحضور ترادف های تکراری معکوس)یکی از انواع فاکتورهای رونویسی هستندکه وظیفه تنظیم سیستم های مقاومت به فلزات را درباکتری ها بر عهده دارند. ژنCadR از این خانواده موجب القاپذیری پروموتور نسبت به کادمیم می شود. هدف اصلی در این مطالعه مقایسه ویژگی های بارز خانواده MerR و ژن CadRو هم چنین تعیین میزان اختصاصیت نسبت به کادمیم در این ژن در میان گونه های مختلف سودوموناس با پیاده سازی ابزار های بیو انفورماتیکی است. پیش بینی میزان اختصاصیت این عنصر در ژنوم های مطالعه شده بوسیله آنالیز های فیلوژنتیکی ، (Alignment)هم ترازی توالی های پروتئینی، تایید حضور سه اسید آمینه حفاظت شده سیستئین و آنالیز ناحیه اتصال N) DNA- ترمینال) و ناحیه اتصال القاگر (C- ترمینال) در پروموتور امکان پذیر است. (Alignment) هم ترازیژن CadR از گونه های سودوموناس نشان دهنده این موضوع است که این پروتئین تقریباً در 09 درصد از 144 اسید آمینه خود دارای ثبات و پایداری است،سه آمینو اسید سیستئین در تمام گونه ها حضور دارند و هم چنین موقعیت ژنهاCadR وCadA و جهت گیری پروموتور بین این دو ژن نیز مشابه نحوه چیدمان ژنها در خانواده MerR می باشد.

کلیدواژه ها:

ژن CadR ، آنالیز ژنومی مقایسه ای ، باکتری سودوموناس