شناسایی تفاوت های تک نوکلئوتیدی در ژن رمز کننده زیرواحد دوم آنزیم سوکسینات دهیدروژناز از گندم متحمل به شوری بومی ایران و بررسی اثرات آن ها بر پایداری این آنزیم

سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 723

نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

IBIS04_092

تاریخ نمایه سازی: 14 شهریور 1393

چکیده مقاله:

شوری اثرات زیان باری بر عملکرد گیاهان از جمله غلات دارد. با توجه به اقلیم گرم، خشک و شور ایران، این سرزمین میتواند خواستگاه گیاهانی متحمل به این شرایط باشد. در این پژوهش، استفاده از روش نمایش تفرقی ژن های بیان شده در پاسخ به نمک بالا نشان داد ژن رمزکننده زیرواحد دوم آنزیمسوکسینات دهیدوژناز یکی از ژنهای القا شونده تحت تنش بلند مدت شوری در گندم ماهوتی است. ما در ادامه این بررسی به شناسایی تفاوت های تکنوکلئوتیدی موجود در این ژن در رقم مزبور و پیش بینی اثرات احتمالی این تفاوتها بر ساختار پروتئین و یا رونوشت های آن پرداختیم. به این منظور، پساز همسانه سازی و توالی یابی، این قطعه از گندم ماهوتی کلونهای متعدد از نظر وجود تفاوت تک نوکلئوتیدی (SNP) با یکدیگر و با توالی های موجود در dbEST، توالی های ژنومی و cDNAهای متعلق به این ژن و تمامی توالی های اسیدآمینه ای موجود در بانک اطلاعاتی UniProt بررسی شد. پس از تجزیه وتحلیل داد ه ها مشخص شد توالی های مورد بررسی حاوی 52، 43 و 65عددSNP به ترتیب در ناحیه UTR ،5′UTR′3 و چارچوب باز خواندنی هستند. از 56 عدد SNP در منطقه رمزکننده ،61 عدد از آن ها در محدوده حفاظت شده پروتئین قرار داشته و منجر به تغییر اسیدآمینه میشون د. در مرحله بعد4، SNP که در ناحیه رمزکننده قرار گرفته و منجر به تغییر اسیدآمینه در پروتئین مربوط میشوند از نظر تاثیر بر ساختار سه بعدی پروتئین مورد بررسی قرارگرفته شد. نتایج نشان داد 4 مورد SNPهای یاد شده منجر به پایداری ترمودینامیکی در پروتئین آن می شوند. ارتباط این پایداری ترمودینامیکی با نقش تغییرات نوکلئوتیدی در حفظ عملکرد آنزیم سوکسینات دهیدروژناز در شوری بالا در رقم ماهوتی بایستی مورد بررسی بیشتری قرار گیرد.